下游公司是否会被认定为虚开，主要取决于其与上游企业的交易是否真实以及发票的开具是否合规，上游企业被认定虚开并不直接导致下游公司被认定为虚开。以下是对此问题的详细分析：
一、交易真实性的考量
真实交易的存在：
- 如果下游公司与上游企业之间存在真实、合法的货物交易或应税劳务，并且所支付的款项与实际交易相符，那么下游公司的开票行为就是基于真实交易的，不构成虚开。
- 例如，下游公司提供了详细的采购合同、付款凭证、货物入库单等证据，证明其与上游企业的交易是真实发生的。
无真实交易或交易不符：
- 如果调查揭示出下游公司与上游企业之间并不存在真实的交易，或者虽然表面上有交易但发票的金额、内容、品名等与实际情况严重不符，那么下游公司的开票行为则很可能被认定为虚开。
- 例如，下游公司无法提供与上游企业交易的任何证据，或者提供的证据显示交易内容与发票内容不一致。
二、发票合规性的审查
发票的开具与取得：
- 下游公司应确保从上游企业取得的发票是合法、有效的，并且符合税法规定的开具要求。
- 如果下游公司取得的发票是上游企业虚开的，且下游公司知道或应当知道这一点，那么下游公司也可能被认定为虚开。
善意取得虚开发票：
- 如果下游公司能够证明其对上游企业的虚开行为不知情，并且取得了虚开发票但属于善意取得（即没有故意或过失），那么通常只需作进项税额转出并补缴已抵扣税款，一般不会被处以罚款或追究刑事责任。
- 但需要注意的是，善意取得虚开发票的认定需要严格的证据支持，并且不同地区的税务机关可能对此有不同的理解和执行标准。
三、下游公司的应对措施
积极配合调查：
- 当下游公司接到税务机关或司法机关的调查通知后，应第一时间积极响应，全面配合调查工作。
- 按照要求提供与交易相关的合同、发票、资金往来记录及货物运输单据等资料，并如实陈述业务真实情况。
核实业务真实性：
- 下游公司应对与上游企业的所有业务进行全面自查，确保每笔交易均真实发生。
- 收集并保存能够证明业务真实性的证据，如货物入库单、验收单、运输凭证等。
寻求专业咨询：
- 建议下游公司聘请经验丰富的税务律师或税务顾问，为企业提供专业的法律意见和应对策略。
- 他们可以帮助企业准确理解相关法律法规，分析面临的风险，并指导企业采取有效措施进行应对。
加强合规管理：
- 下游公司应建立健全的合规管理制度，确保与上游企业的交易活动合法合规。
- 定期对供应商进行资质审核，避免与存在违法行为的上游企业合作。同时，保留好所有交易的相关证据，以备不时之需。
四、可能的法律后果
轻微情况：
- 进项税额转出：若下游公司取得了上游企业虚开的增值税专用发票并已申报抵扣进项税额，税务机关通常会要求企业进行进项税额转出处理。
- 调整企业所得税：虚开的发票不能作为企业所得税税前扣除的凭证。企业需对已在税前扣除的相关成本进行调整，并补缴相应的企业所得税。
较重情况：
- 行政处罚：若税务机关认定下游公司知道或应当知道取得的是虚开发票，可能会被视为偷税行为。除了补缴税款和滞纳金外，企业还可能面临罚款。
- 纳税信用降级：企业的纳税信用等级会受到影响，导致在发票领用、出口退税、银行贷款等方面受到限制。
严重情况：
- 刑事处罚：如果下游公司与上游企业存在共谋或故意取得虚开发票用于骗取国家税款，且数额较大，可能会触犯刑法中的相关罪名，面临刑事处罚。
建议：下游公司在面对上游企业被认定虚开的情况时，应保持冷静并积极应对。通过自查交易记录、确保交易真实性和发票合规性、寻求专业法律支持等措施来维护自己的合法权益。如果有任何疑问或需要进一步的法律帮助，请直接向我咨询。