机关法人与国有土地使用权受让人签订的土地使用权出让金返还协议通常无效。以下从不同角度进行分析：
一、协议无效的法律依据
违反公平公正原则：
- 根据《中华人民共和国招标投标法》和《中华人民共和国拍卖法》的相关规定，投标人不得与招标人串通投标，损害国家利益、社会公共利益或者他人的合法权益，否则中标无效。土地出让金返还协议提前确定土地使用权的价格，破坏了国有土地使用权出让市场中的交易秩序，本质属于串通行为，违反了法律的强制性规定，因此应认定协议无效。
土地使用权出让金收支及用途法定：
- 根据《中华人民共和国土地管理法》的规定，以出让等有偿使用方式取得国有土地使用权的建设单位，需按照国务院规定的标准和办法缴纳土地使用权出让金等土地有偿使用费和其他费用后，方可使用土地。新增建设用地的土地有偿使用费，部分上缴中央财政，部分留给有关地方人民政府。土地出让金返还协议导致原本应当缴纳进入国库的土地使用权出让金收入流失，有损国家利益，因此协议无效。
二、协议无效后的法律后果
- 合同自始无效：无效合同自始至终无效，不具有法律约束力。因此，当事人不能请求履行合同或承担相应违约责任。
- 参照民法典处理：协议无效后的处理，需要参照《中华人民共和国民法典》的有关规定。例如，因该合同取得的财产，应当予以返还；不能返还或者没有必要返还的，应当折价补偿。有过错的一方应当赔偿对方因此所受到的损失；双方都有过错的，应当各自承担相应的责任。
三、特殊情况说明
- 国家收回土地的情况：如果国家在收取土地出让金后，在土地使用权未到期前收回国有土地，并依据一定的原则返还土地出让金，这种情况是合法的。但这与机关法人与国有土地使用权受让人签订的土地使用权出让金返还协议是不同的法律关系。
建议：在实际操作中，机关法人和国有土地使用权受让人应严格遵守相关法律法规，避免签订土地出让金返还协议等违法违规行为。如果有任何疑问或需要进一步的法律帮助，可以直接向我咨询，我会根据具体情况提供专业的法律意见。