核心结论：工程结束后开票与质保金的处理需结合合同约定及法律规定，主要涉及开票义务履行、质保金支付条件及风险防范。以下是具体分析：

1. 开票义务的履行

• 合同约定优先：若合同明确约定“工程验收合格后XX日内开具全额发票”，则承包方应在工程结束并验收通过后，按约定时间、金额及税率开具合法有效的增值税发票。若未约定，可参考《民法典》第511条，按行业惯例或双方协商确定时间。
• 开票与付款的关联性：实践中，发包方常以“收到发票后支付尾款”作为条件。若合同无相反约定，承包方开具发票是履行附随义务，发包方不得以未开票为由拒绝支付工程款（但质保金除外，因其性质特殊）。
• 风险提示：若承包方未及时开票，可能面临发包方主张逾期付款违约金或拒绝支付的风险。建议保留开票记录及送达凭证，避免纠纷。

2. 质保金的处理

• 质保金的性质：质保金是发包方为保障工程质量，从工程款中预留的一定比例款项，通常在质保期（如1-2年）届满后无质量问题时退还。
• 支付条件：
  1. 质保期届满：需确认合同约定的质保期是否已满，且工程无质量问题或已修复。
  2. 书面确认：建议承包方在质保期满前，要求发包方出具书面确认文件（如《质保期满验收单》），明确无质量问题。
  3. 退还流程：合同可能约定“发包方在收到承包方退还申请后XX日内支付质保金”，需按流程操作。
• 例外情形：若质保期内出现质量问题，发包方有权扣除相应维修费用后支付剩余质保金，或要求承包方继续维修。

3. 开票与质保金的衔接

• 分阶段开票：若合同约定“工程款与质保金分开开票”，承包方应在工程结束时开具工程款发票，质保金部分在退还时另行开具（如红字发票或零税率发票，具体按税务规定处理）。
• 税务合规：质保金退还时，若未发生实际交易（如未扣除费用），可能涉及发票红冲或作废。建议提前与税务机关沟通，避免税务风险。

4. 风险防范建议

• 合同审查：签订合同时，明确开票时间、税率、质保金比例及退还条件，避免模糊条款。
• 证据留存：保留工程验收单、质保期满确认文件、开票记录及沟通记录，以备纠纷时举证。
• 协商优先：若发包方拖延退还质保金，可先发送律师函催告，协商解决；协商不成再通过诉讼或仲裁主张权利。

总结：工程结束后，承包方应按合同约定及时开票，并在质保期满后凭书面确认文件申请退还质保金。若遇纠纷，可依据合同及法律规定主张权利。如有具体问题，欢迎进一步向我咨询。