针对您提出的“包车客运有违法的怎么处理”这一问题，我将结合相关法规和实际处理情况，为您详细解答。

首先，包车客运的违法行为可能涉及多个方面，如未持有效的包车客运标志牌进行经营、不按照包车客运标志牌载明的事项运行、线路两端均不在车籍所在地、招揽包车合同以外的旅客乘车，以及超范围经营等。这些行为均违反了《中华人民共和国道路运输条例》及《道路旅客运输及客运站管理规定》等相关法规。

对于包车客运的违法行为，县级以上道路运输管理机构将依法进行处罚。具体处罚措施包括：

1. 责令改正：对于发现的违法行为，道路运输管理机构将首先责令客运经营者进行改正，确保其经营行为符合法规要求。

2. 罚款：根据违法行为的严重程度，客运经营者可能面临1000元以上3000元以下的罚款。例如，对于初次违法且超范围经营里程较短、未造成危害后果的，可能被处以1000元罚款；而对于超范围经营里程较长、多次违法或造成旅客滞留等严重后果的，罚款金额可能达到2500元至3000元。

3. 吊销许可证：在情节严重的情况下，如多次违法或造成严重后果，原许可机关可能吊销客运经营者的道路运输经营许可证或相应经营范围。

此外，由于各地可能会根据实际情况在上述法律规定基础上细化裁量标准，因此具体的处罚措施可能因地区而异。例如，某些地区可能对轻微违法行为采取更为宽容的处理方式，而对严重违法行为则加大处罚力度。

为了确保包车客运经营活动的合法性和规范性，避免不必要的法律风险和经济损失，我建议您：

• 严格遵守道路运输管理规定，确保所有经营行为均符合法规要求。
• 定期对车辆和驾驶员进行合规检查，确保车辆状况良好，驾驶员资质合格。
• 在遇到相关法律问题时，及时咨询当地交通主管部门或专业法律人士，以获取最准确的信息和法律指导。

综上所述，包车客运的违法行为将受到法律的严格制裁。作为客运经营者，应时刻保持警惕，确保经营活动的合法性和规范性。