结论：学校从小产假期间的绩效中每天扣除50元是否合法，需根据具体情况判断，但一般情况下，这种做法可能不合法，因为产假期间女性职工应享受正常的工资待遇，且绩效工资作为工资的一部分，通常不应被扣除。
法律分析
产假期间的工资待遇：
- 根据《女职工劳动保护特别规定》，女职工在产假期间应享受正常的工资待遇。这意味着，除了可能的社会保险和公积金个人部分外，女职工在产假期间应获得与平时相同的工资收入。
- 绩效工资作为工资的一部分，通常反映了员工的工作表现和贡献。然而，在产假期间，由于女职工无法正常工作，其绩效评估可能受到影响。但即便如此，这并不意味着学校可以随意扣除绩效工资。
绩效工资的扣除依据：
- 学校扣除绩效工资的行为，需要有明确的规章制度作为依据，并且这些规章制度必须符合法律法规的规定。
- 如果学校的规章制度中明确规定了产假期间绩效工资的扣除方式，并且这种规定不违反法律法规的强制性规定，那么学校可能有一定的合理性。但通常情况下，这样的规定可能被视为对女职工权益的侵害。
可能的法律后果：
- 如果学校未经合法程序擅自扣除女职工产假期间的绩效工资，女职工有权向劳动监察部门投诉或提起劳动仲裁，要求学校补发被扣除的工资，并可能要求支付相应的经济补偿。
建议与行动
核查学校规章制度：
- 首先，建议您核查学校的规章制度，特别是关于产假期间工资待遇和绩效工资扣除的规定。
- 如果规章制度中存在不合法或不合理的内容，您可以向学校提出异议，并要求学校进行修正。
与学校协商：
- 如果规章制度中没有明确规定或规定不明确，您可以尝试与学校进行协商，寻求一个合理的解决方案。
- 在协商过程中，您可以强调法律法规对女职工产假期间工资待遇的保护，以及绩效工资作为工资一部分的性质。
寻求法律援助：
- 如果协商无果，您可以考虑寻求法律援助或咨询专业律师（即我本人），了解您的法律权益和可能的维权途径。
- 在必要时，您可以向劳动监察部门投诉或提起劳动仲裁，以维护您的合法权益。