针对您提出的“车辆曾经有过非法营运怎么处理”的问题，以下是我为您提供的详细解答：
一、非法营运的定义与后果
非法营运是指未依法取得营运权而实施营运行为，即未按规定领取有关主管部门核发的营运证件或超越核定范围进行经营。这种行为不仅严重扰乱市场秩序，损害合法经营者权益，还存在极大的安全隐患。一旦被发现，将面临严格的法律制裁，包括行政处罚、刑事处罚等。
二、行政处罚措施
调查取证与扣押车辆：
- 交通运输管理部门有权对涉嫌非法营运的车辆进行调查，通过现场检查、询问乘客和司机、收集证据等方式确定违法行为。
- 如有初步证据证明非法营运，可依法扣押涉案车辆，以防止违法行为继续，并保障后续处理程序顺利进行。
罚款与没收违法所得：
- 根据《中华人民共和国道路运输条例》，对非法营运行为可处以罚款。具体罚款金额依据当地法规及非法营运情节严重程度确定，通常在数千元到数万元不等。
- 对于有违法所得的，将没收违法所得，并处违法所得2倍以上10倍以下的罚款；没有违法所得或违法所得不足2万元的，处3万元以上10万元以下的罚款。
其他行政处罚：
- 对于未经许可擅自从事道路旅客运输站（场）经营、机动车维修经营等违法行为，也有相应的责令改正、罚款、没收违法所得以及责令停业整顿等处罚措施。
三、刑事处罚风险
若非法营运行为严重扰乱市场秩序，情节严重，则可能构成非法经营罪。根据《中华人民共和国刑法》的相关规定，对于构成非法经营罪的非法营运行为，可处五年以下有期徒刑或者拘役，并处或者单处违法所得一倍以上五倍以下罚金；情节特别严重的，处五年以上有期徒刑，并处违法所得一倍以上五倍以下罚金或者没收财产。
四、车辆所有人的应对措施
接受处理：
- 车辆被认定为非法营运后，车主需在规定时间内前往指定交通执法部门接受处理，携带身份证、车辆行驶证等相关证件。
陈述和申辩：
- 在接受处理过程中，车主有权进行陈述和申辩，向执法部门说明情况。如认为不存在非法营运行为或对认定的事实、处罚依据有异议，可提供相应证据和理由。
缴纳罚款与相关费用：
- 若对处罚决定无异议，应按要求在规定期限内缴纳罚款及可能产生的其他费用（如车辆保管费，但有些地方对于合理期限内的保管不收费）。
取回车辆：
- 完成所有处理程序并缴纳相关费用后，车主可按交通执法部门要求办理车辆取回手续，领回被扣押的车辆。
五、特殊情况与注意事项
再次从事非法营运：
- 如车主在接受处理后再次从事非法营运，将面临更严厉的处罚，包括更高的罚款金额和可能的刑事责任。
涉及交通事故：
- 非法营运车辆在营运过程中发生交通事故，处理更为复杂。首先按交通事故处理程序由交警部门认定事故责任，同时非法营运行为仍会按规定处理。在事故赔偿方面，非法营运不影响责任划分和赔偿责任承担，但可能影响保险理赔。
六、建议与忠告
- 强烈建议所有车主和驾驶员严格遵守相关法律法规，避免从事非法营运活动。
- 如有意从事道路客运经营活动的，请依法向当地交通运输部门申请客运经营许可，合法合规经营。
综上所述，非法营运行为将面临严厉的法律制裁。因此，请务必遵守相关法律法规，远离非法营运活动。