当车主在交通事故中被认定为全责时，保险公司的赔偿流程及相关规则是一个涉及多个环节和险种的综合过程。以下是对这一问题的详细解答：
一、赔偿顺序与险种
交强险先赔：
- 交强险（机动车交通事故责任强制保险）是车主必须购买的保险，它会在责任限额内优先赔偿受害人的损失。
- 赔偿限额包括：死亡伤残赔偿限额18万元、医疗费用赔偿限额1.8万元、财产损失赔偿限额0.2万元。
商业险补充：
- 如果车主购买了商业第三者责任险，交强险赔偿不足的部分将由商业险按合同约定进行补充赔偿。
- 商业第三者责任险的赔偿限额较高，可根据车主需求选择，用于覆盖交强险赔偿不足的部分。
- 此外，如果车主还购买了车辆损失险，那么被保险车辆本身在交通事故中所遭受的损失也将由该险种进行赔偿。
二、赔偿流程
及时报案：
- 事故发生后，车主应立即向投保的保险公司及交警部门报案，通常要求在24小时或48小时内（具体以保险合同约定为准）。
现场勘查与定损：
- 保险公司会安排查勘人员到事故现场了解事故经过、原因及损失情况，并对受损车辆和其他财产损失进行拍照、记录及定损。
提交索赔材料：
- 车主需准备并提交相关索赔材料，如保险单、事故责任认定书、驾驶证、行驶证、维修发票、医疗费用清单等。这些材料是保险公司审核赔付的重要依据。
审核赔付：
- 保险公司会对提交的索赔材料进行审核，核实损失情况和索赔金额的真实性、合理性。
- 审核通过后，保险公司会与车主就赔偿金额等达成协议，并按协议支付赔款。支付方式通常有转账等。
三、特殊情况与免赔
- 免赔情况：保险公司存在不赔或免赔的情况，如司机酒驾、无证驾驶等违法行为，或损失在免赔范围内（如某些特定类型的损失或超出保险限额的损失），保险公司可能不担责或部分免责。
- 注意事项：车主需确保提供的索赔材料真实、完整，以便保险公司顺利审核与赔付。同时，了解清楚自己的保险类型和条款，特别是赔偿范围、限额及免赔率等关键信息。
四、法律依据
- 根据《中华人民共和国民法典》第一千一百七十九条，侵害他人造成人身损害的，应赔偿医疗费、护理费、交通费、营养费、住院伙食补助费等为治疗和康复支出的合理费用，以及因误工减少的收入。造成残疾或死亡的，还应赔偿相应费用。
- 因交通事故造成他人财产损失的，也应进行赔偿。
综上所述，当车主在交通事故中被认定为全责时，保险公司的赔偿流程涉及交强险、商业第三者责任险及车辆损失险等不同险种。车主需及时报案、提交索赔材料，并配合保险公司的审核与赔付流程。同时，了解清楚保险条款和免赔情况，以确保自身权益得到妥善保障。