申请执行人与被执行人达成协议，放弃执行个别被执行人，在符合法律规定和程序要求的情况下，是合法的。以下从不同角度进行分析：
合法性依据
当事人意思自治原则：在执行程序中，申请执行人与被执行人作为民事主体，有权在法律允许的范围内自由处分自己的民事权利。如果双方达成执行和解协议，且该协议不违反法律、行政法规的强制性规定，不损害国家、集体或第三人的利益，那么该协议就是合法的。在此情况下，申请执行人放弃对个别被执行人的执行，可以视为其对自身权利的一种处分，是合法的。
执行和解协议的效力：根据相关法律规定，当事人可以自愿协商达成和解协议，依法变更生效法律文书确定的权利义务主体、履行标的、期限、地点和方式等内容。和解协议一般采用书面形式，并可以成为人民法院裁定中止执行或终结执行的依据。因此，如果申请执行人与部分被执行人达成了执行和解协议，并且该协议得到了其他被执行人的认可（如通过书面形式表示无异议），或者法院认为该协议对其他被执行人也有约束力（如通过送达、公告等方式通知其他被执行人，且其在合理期限内未提出异议），那么该协议就是有效的，申请执行人放弃对个别被执行人的执行也是合法的。
实际操作中的注意事项
确保协议内容合法：在达成执行和解协议时，必须确保协议内容不违反法律、行政法规的强制性规定，不损害国家、集体或第三人的利益。否则，该协议可能被认定为无效，申请执行人放弃对个别被执行人的执行也可能被视为违法。
通知其他被执行人：如果申请执行人仅与部分被执行人达成了执行和解协议，那么必须确保其他被执行人知道该协议的存在和内容。这可以通过书面送达、公告等方式进行。如果其他被执行人在合理期限内未提出异议，那么可以视为其认可该协议，申请执行人放弃对个别被执行人的执行也就是合法的。
法院的审查与确认：在达成执行和解协议后，最好将协议提交给法院进行审查和确认。法院会根据协议的内容、当事人的意思表示以及法律规定等因素，判断该协议是否合法有效。如果法院认为该协议合法有效，并且符合终结执行的条件，那么可以裁定终结执行。
可能的法律后果
如果申请执行人与被执行人达成的执行和解协议合法有效，并且得到了法院的确认，那么申请执行人放弃对个别被执行人的执行就是合法的，不会产生不良的法律后果。然而，如果协议存在违法情形或者未得到其他被执行人的认可，那么申请执行人放弃对个别被执行人的执行可能被视为违法，需要承担相应的法律责任。
建议：在达成执行和解协议并放弃对个别被执行人的执行前，最好咨询专业律师的意见，以确保协议的合法性和有效性。如果有任何疑问或需要进一步的法律帮助，可以直接向我咨询。