因台风停工没有全勤是合法的，且用人单位不得因此扣发全勤奖。以下从不同角度为您详细分析：
法律背景
根据《广东省工资支付条例》等相关规定，非因劳动者原因造成用人单位停工、停产的，在一个工资支付周期（最长三十日）内的，用人单位应当按照正常工作时间支付工资。台风导致的停工属于典型的“非劳动者原因”造成的停工，因此，即使劳动者没有出勤，公司也应当按正常工作时间向劳动者支付工资，且不得因此扣发全勤奖。
用人单位的不合理做法及应对
不能用调休冲抵：
- 台风停工的性质不同于休息日加班，因此不能安排补休（调休）来冲抵。
- 应对：若用人单位试图用调休冲抵，劳动者可以明确拒绝，并引用相关法律法规进行说明。
不能强制安排年休假：
- 虽然安排年休假一般被认为是用人单位的自主权，但在政府明确要求停工的特定情况下，单方面强制用年假抵扣并不合理。
- 应对：若用人单位强制安排年休假，劳动者可以与用人单位协商，要求按照正常工作时间支付工资。
不能视为旷工或扣发全勤奖：
- 如果劳动者的居住地、工作地或上班必经之路发布了停班通知，因此无法出勤，用人单位不得将劳动者的未出勤视为旷工、迟到，也不能因此扣发全勤奖金，或强迫劳动者以事假等方式处理。
- 应对：若用人单位因此扣发全勤奖，劳动者可以首先与公司协商，出示相关的法律法规条款，说明其做法的违法性；若协商无果，可以向当地的劳动保障监察部门进行投诉和举报；必要时，还可以依法申请劳动仲裁，要求用人单位支付被克扣的工资及可能的赔偿金。
特殊情况说明
必须出勤的情况：
- 一些特殊行业和岗位，如承担抢险救灾、保障社会基本运行任务的人员（例如交警、救援人员、线路抢修员等），可能需要按要求出勤。
- 说明：这些人员因工作性质特殊，在台风等恶劣天气下仍需坚守岗位，因此不适用上述关于停工期间工资支付的规定。
居家办公的情况：
- 如果公司原本就实行居家办公，或者临时安排居家办公且工作不受影响，那么通常需要正常提供劳动，公司也应正常支付工资。
- 说明：若因台风导致家中停电、断网等无法工作，只要能提供证明，雇主不应视为旷工或扣发工资。
法律建议
- 保留证据：在台风停工期间，劳动者应保留好相关证据，如停班通知、无法出勤的证明等，以备不时之需。
- 及时沟通：若用人单位在台风停工期间有不合理做法，劳动者应及时与用人单位沟通，说明情况并引用相关法律法规。
- 寻求帮助：若沟通无果，劳动者可以向当地的劳动保障监察部门进行投诉和举报，或依法申请劳动仲裁。
总结：因台风停工没有全勤是合法的，且用人单位不得因此扣发全勤奖。劳动者在遇到不合理做法时，应保留证据、及时沟通并寻求帮助。如有任何疑问或需要进一步的法律帮助，请直接向我咨询。