乙方是否有权修改甲方出的协议，需分情况讨论：

1. 协议未生效或仅为草稿阶段

   • 若协议尚未完成签署流程，或明确标注为“草稿”“讨论稿”等非正式版本，乙方作为协议相对方，有权基于平等协商原则对条款提出修改建议。此时修改属于合同磋商阶段的正常行为，不涉及违约或侵权问题。例如，甲乙双方就合作协议初稿进行多轮修改，最终形成定稿并签署，此过程符合法律规定。

2. 协议已生效且无修改约定

   • 若协议已正式签署并生效，且未约定“单方修改权”或“协议变更程序”，则乙方无权单方面修改协议内容。根据《民法典》第四百六十五条，依法成立的合同受法律保护，仅对当事人具有法律约束力。此时乙方若擅自修改，可能构成违约，需承担继续履行、赔偿损失等责任。例如，乙方未经甲方同意修改付款条款，甲方有权要求按原协议执行，并追究乙方违约责任。

3. 协议已生效但约定了修改程序

   • 若协议中明确约定了修改程序（如双方协商一致、书面确认等），则乙方需按约定流程提出修改。例如，协议规定“任何修改需经双方书面确认并盖章”，此时乙方需与甲方协商，达成一致后签署补充协议。若乙方未按流程操作，修改行为可能无效。

4. 法定修改情形

   • 在特定情况下，法律赋予一方修改权。例如，因不可抗力导致原协议无法履行，或一方严重违约导致合同目的无法实现，另一方可根据《民法典》第五百三十三条、第五百六十三条等规定，请求变更或解除合同。但此类修改需通过法律程序（如诉讼、仲裁）确认，而非乙方单方决定。

法律建议：

• 乙方在收到甲方协议后，应首先审查协议是否已生效、是否有修改约定。若需修改，建议通过书面函件明确修改内容及理由，与甲方协商。
• 若协商无果，可考虑通过补充协议、会议纪要等形式固定修改内容，避免口头约定。
• 若涉及重大利益调整，建议咨询专业律师，评估修改的法律风险及可行性。

可能后果：

• 乙方擅自修改生效协议，可能面临甲方要求继续履行原协议、赔偿损失等法律后果。
• 若修改内容涉及第三方权益（如担保人、共有人），还可能引发第三方主张权利，导致协议效力争议。

如有具体协议条款或修改需求，可直接向我咨询，我将结合协议内容提供进一步分析。