针对您提出的“借款合同保证期限长于法定担保期限怎么负担”的问题，我们可以从以下几个方面进行详细解答：

一、担保期限的基本规定

首先，我们需要明确担保期限的基本法律规定。根据《中华人民共和国民法典》的相关规定，担保期限分为约定担保期限和法定担保期限两种：

1. 约定担保期限：债权人和担保人可以在合同中明确约定担保期限。但需要注意的是，约定的担保期限不得早于或与主债务履行期限同时届满，且最长不得超过二年。

2. 法定担保期限：若合同中未约定担保期限或约定不明，则适用法定担保期限，即为主债务履行期限届满之日起六个月。

二、保证期限长于法定担保期限的处理

当借款合同中的保证期限长于法定担保期限时，我们应遵循以下原则进行处理：

1. 尊重约定优先：如果合同中明确约定了担保期限，并且该期限在法律允许的范围内（即不超过二年），那么应优先按照合同约定的期限执行。

2. 法定担保期限的补充作用：在合同未约定或约定不明的情况下，法定担保期限将作为补充规定适用。但一旦合同中有明确约定，法定担保期限就不再适用。

3. 担保人的责任：在担保期限内，如果债权人未要求担保人承担担保责任，那么担保人将免除担保责任。这一原则同样适用于保证期限长于法定担保期限的情况。即，无论保证期限多长，只要债权人在该期限内未行使权利，担保人就不再承担担保责任。

三、实际操作中的建议

1. 明确约定担保期限：为了避免争议和纠纷，建议在借款合同中明确约定担保期限，并确保该期限在法律允许的范围内。

2. 及时行使权利：债权人应在担保期限内及时行使权利，要求担保人承担担保责任。否则，一旦超过担保期限，担保人将不再承担担保责任。

3. 咨询专业律师：在签署借款合同或处理相关纠纷时，建议咨询专业律师的意见。律师可以根据具体情况提供法律建议和帮助，确保您的权益得到保障。

四、案例说明

假设某借款合同的主债务于2023年1月1日到期，合同中约定的担保期限为三年（长于法定担保期限的六个月）。那么，在该案例中：

• 如果债权人在2026年1月1日之前（即担保期限内）未要求担保人承担担保责任，那么担保人将免除担保责任。
• 如果债权人在2023年7月1日（法定担保期限届满日）之前已要求担保人承担担保责任，但担保期限尚未届满，那么担保人仍需承担担保责任，直至合同约定的担保期限届满。

综上所述，当借款合同保证期限长于法定担保期限时，我们应尊重合同约定优先的原则，并在担保期限内及时行使权利。同时，建议咨询专业律师以确保您的权益得到充分保障。