当自然人与有限责任公司合作过程中，发现法人存在职务侵占行为时，可以按照以下详细且具有深度的步骤来处理：
一、收集证据
证据是维权的基础，必须全面、细致地收集能证明法人职务侵占的各类材料。具体包括：
- 侵占资金的流向：通过银行流水、转账记录等确认资金的具体去向，这是证明职务侵占行为的关键证据。
- 相关合同文件：审查与法人业务往来相关的合同文件，可能会揭示法人在业务操作中的不当行为或违规操作。
- 财务账目异常记录：如不合理的支出、账目不符、虚假报销等，这些都能作为法人职务侵占的有力证据。
二、启动内部治理程序
在收集到足够证据后，公司应启动内部治理程序来应对法人职务侵占问题：
- 召开股东会：要求法人就相关情况作出详细说明，并接受股东的质询。
- 聘请专业审计机构：对公司财务进行全面审查，以精准确定侵占事实和具体金额。审计机构应具有专业资质和独立性，确保审计结果的客观性和准确性。
三、选择法律途径
若法人侵占行为属实，公司可以选择以下两条法律途径来维护自身权益：
向公安机关报案：
- 职务侵占达到一定数额标准就构成刑事犯罪，公安机关会依法立案侦查。
- 报案时，应提交收集到的证据材料，并配合公安机关的调查工作。
通过民事诉讼：
- 若法人侵占行为未达到刑事犯罪标准，或公司希望更快地挽回损失，可以选择通过民事诉讼来要求法人返还侵占款项，并赔偿公司因此遭受的损失。
- 民事诉讼过程中，应提交充分的证据来支持自己的诉讼请求，并遵循法定程序进行诉讼。
四、遵循法定程序与保护权益
在整个处理过程中，必须严格遵循法定程序，切实保护公司及股东的合法权益：
- 保证法律程序的严谨与公正：无论是报案还是诉讼，都应按照法律规定的程序进行，确保每一步都合法合规。
- 最大程度地挽回公司损失：通过合法途径追回被侵占的资金，并要求法人赔偿公司因此遭受的损失，包括直接损失和间接损失。
五、案例分析
以小何为例，他是一家有限责任公司的法人。公司股东小李发现公司资金流向异常，怀疑小何存在职务侵占行为。小李收集了资金流向、相关合同文件等证据后，公司召开股东会要求小何说明情况，并聘请专业审计机构进行审查。审查发现小何确实存在侵占公司资金的事实。此时，公司可以选择向公安机关报案，要求追究小何的刑事责任；或者通过民事诉讼要求小何返还侵占款项及赔偿损失。
综上所述，当自然人与有限责任公司合作过程中发现法人职务侵占时，应通过收集证据、启动内部治理程序、选择法律途径以及遵循法定程序等步骤来维护自身权益。