小区地下车库分成两层是否合法，需结合具体情况判断，不能一概而论。以下从不同角度为您详细分析：
1. 规划与审批角度
- 合法情形：若小区地下车库的设计、建设符合城市规划要求，且已通过相关部门的审批（如规划许可证、施工许可证等），同时分层设计（如两层）在规划文件中明确体现，则分层建设是合法的。
- 违法情形：若未取得规划许可或超出规划范围擅自分层建设，则属于违法建设，可能面临责令整改、罚款甚至拆除等法律后果。
2. 产权与使用角度
- 产权清晰：若地下车库分层后，每层产权归属明确（如开发商所有、业主共有或分户所有），且符合物权法规定，则分层合法。例如，若开发商通过合法程序将两层车库分别出售给业主，并办理了产权登记，则合法有效。
- 产权争议：若分层导致产权模糊（如未明确分层产权归属），或侵犯业主共有权益（如将本应属于业主共有的地下空间擅自分层出售），则可能引发法律纠纷。
3. 安全与消防角度
- 合规设计：地下车库分层需满足消防安全要求，如设置足够的疏散通道、消防设施等。若分层设计符合消防规范，并通过消防验收，则合法。
- 安全隐患：若分层导致消防通道不畅、通风不良或存在其他安全隐患，则可能被认定为违法建设，需整改。
4. 合同与约定角度
- 合同约定：若购房合同或物业管理协议中明确约定了地下车库的分层情况（如分层使用、管理规则等），且不违反法律法规，则分层合法。
- 违约情形：若开发商或物业未按照合同约定分层管理车库，或擅自改变分层用途，则可能构成违约，需承担相应责任。
法律建议
- 核查规划文件：建议业主或开发商首先核查小区地下车库的规划许可证、施工许可证等文件，确认分层设计是否经过合法审批。
- 明确产权归属：若涉及产权问题，建议通过产权登记、购房合同等文件明确每层车库的产权归属，避免纠纷。
- 关注消防安全：确保分层设计符合消防规范，定期检查消防设施，保障安全。
- 依据合同维权：若发现开发商或物业违反合同约定分层管理车库，可依据合同条款维权。
若您对小区地下车库分层问题有具体疑问（如规划审批、产权纠纷、消防安全等），可直接向我咨询，我将结合实际情况为您提供专业法律意见。