二轮土地承包后迁入户取得承包地并取得承包经营权证，其有效性需结合具体情况判断，不能一概而论。以下从不同角度进行分析：
一、若迁入户符合法定条件且程序合法，则承包经营权证有效
集体经济组织成员资格：根据《中华人民共和国农村土地承包法》及相关规定，农村土地承包以家庭为单位，承包方应为本集体经济组织的农户。若迁入户在二轮土地承包时已依法取得该集体经济组织成员资格，且符合当地土地承包政策，那么其取得承包地并办理承包经营权证的行为是合法的。
法定程序：土地承包合同的签订和承包经营权证的办理需遵循法定程序。包括发包方与承包方签订书面承包合同、承包合同生效后由发包方或承包方向县级以上地方人民政府申请颁发承包经营权证等。若迁入户在取得承包地的过程中，这些程序均得到严格遵守，那么其承包经营权证的有效性将得到法律保障。
二、若迁入户不符合法定条件或程序违法，则承包经营权证可能无效
非集体经济组织成员：若迁入户在二轮土地承包时并未取得该集体经济组织成员资格，或者其成员资格存在争议，那么其取得承包地的行为可能因缺乏法律依据而无效。在此情况下，即使其办理了承包经营权证，该证件也可能因基础法律关系不成立而被撤销或宣告无效。
程序违法：如前所述，土地承包合同的签订和承包经营权证的办理需遵循法定程序。若迁入户在取得承包地的过程中，存在未签订书面承包合同、未经过法定程序审核等违法行为，那么其承包经营权证的有效性将受到质疑。在此情况下，相关行政部门或法院可能根据具体情况宣告该证件无效。
三、特殊情况下的有效性判断
政策性迁入：在某些地区，由于政策原因（如扶贫搬迁、生态移民等），非集体经济组织成员可能被允许迁入并取得承包地。在此情况下，若迁入户符合政策条件且程序合法，那么其取得承包地并办理承包经营权证的行为是合法的。
历史遗留问题：对于二轮土地承包前已迁入但未及时办理承包经营权证的情况，若迁入户在后续过程中补办了相关手续且符合法定条件，那么其承包经营权证的有效性通常也会得到认可。但需注意，这并不意味着所有历史遗留问题都能得到妥善解决，具体还需根据当地政策和实际情况进行判断。
建议：若您或他人面临此类问题，建议首先核查迁入户是否具备集体经济组织成员资格、土地承包合同是否签订且程序是否合法。如有疑问或争议，可咨询当地农业部门或寻求专业法律帮助以维护自身合法权益。您有任何法律问题，都可以直接向我咨询。