非法行医的认定部门主要是卫生行政部门，若涉及刑事犯罪，公安机关也会在立案侦查时协助认定。以下是对这一问题的详细分析：

一、卫生行政部门的认定职责

1. 法律依据：

   • 根据《医疗机构管理条例》及相关配套规章，县级以上人民政府卫生行政部门负责本行政区域内医疗机构的监督管理工作，这自然包括了对非法行医行为的认定。

2. 认定标准：

   • 卫生行政部门在认定非法行医时，会依据医疗卫生管理方面的法律、行政法规、部门规章以及诊疗护理规范、常规。
   • 具体考量因素包括行医者是否具备执业资格、是否在注册地点之外行医、诊疗行为是否规范等。例如，若有人未取得相应执业资格却开展医疗活动，或者在非注册地点行医，卫生行政部门就会依据这些规定进行认定。

3. 认定流程：

   • 卫生行政部门在接到关于非法行医的举报或投诉后，会进行调查核实。
   • 调查过程中，可能会要求行医者提供相关执业资格证明、诊疗记录等材料。
   • 根据调查结果，卫生行政部门会作出是否构成非法行医的认定，并依法进行处罚。

二、公安机关的协助认定职责

1. 刑事犯罪的认定：

   • 若非法行医行为涉嫌刑事犯罪，如非法行医罪，则公安机关会介入立案侦查。
   • 在侦查过程中，公安机关会依据相关证据和专业知识，协助卫生行政部门更准确地认定非法行医行为。

2. 协助认定的方式：

   • 公安机关可能会对行医现场进行勘查，收集相关物证、书证。
   • 可能会对行医者、患者及相关证人进行询问，获取口供和证言。
   • 结合卫生行政部门的认定意见和自身的侦查结果，公安机关会作出是否构成刑事犯罪的认定。

三、法律后果与建议

1. 法律后果：

   • 对于非法行医行为，卫生行政部门可以依法给予行政处罚，如罚款、没收违法所得、吊销执业证书等。
   • 若构成非法行医罪，则行医者可能会面临刑事处罚，包括有期徒刑、拘役、罚金等。

2. 建议：

   • 作为患者，在选择医疗机构和医生时，一定要查看其是否具备合法的执业资格和注册信息。
   • 若发现非法行医行为，应及时向卫生行政部门或公安机关举报，以维护自身的合法权益和医疗市场的正常秩序。

在处理非法行医问题时，卫生行政部门和公安机关会各司其职、密切配合，共同维护医疗市场的正常秩序和公众的健康安全。如果您在医疗纠纷或医疗事故赔偿方面有任何疑问或需要进一步的法律帮助，请随时向我咨询。