医疗器械有总公司授权的分公司，在符合法律法规和授权条件的情况下是合法的。以下从不同角度对此问题进行详细分析：
一、法律法规角度
医疗器械行业作为关乎公众健康的重要领域，受到国家法律的严格监管。根据《医疗器械监督管理条例》及《医疗器械经营企业许可证管理办法》等相关规定，医疗器械经营企业必须满足一系列条件，包括具备独立的场地、合格的人员资质、完善的质量管理体系等，并通过正规的行政审批程序获得医疗器械经营许可。对于分公司而言，如果其获得了总公司的合法授权，并且满足了上述法律法规对于医疗器械经营企业的要求，那么其经营行为就是合法的。
二、授权条件与范围
授权清晰合法：总公司对分公司的授权必须明确、合法，授权范围、内容应符合法律法规要求。这包括授权分公司经营哪些类型的医疗器械、在哪些地区经营、以及经营的具体方式等。
分公司具备相应能力：分公司必须具备与所授权经营医疗器械相适应的能力，包括人员资质、场地设施、质量管理体系等。这是确保分公司能够合法、安全地经营医疗器械的基础。
三、可能存在的法律风险及防范
民事风险：如果分公司经营出现问题，如合同纠纷、产品质量问题等，由于分公司并不具备完整的法人资格，其产生的民事责任通常将由总公司全权承担。因此，总公司在授权分公司经营时，应充分评估分公司的经营能力和风险承受能力，并采取相应的风险防范措施。
刑事风险：如果分公司经营的医疗器械出现严重质量问题，危害人体健康，相关责任人可能面临刑事指控。这要求分公司在经营过程中必须严格遵守法律法规，确保医疗器械的质量和安全。
合规经营建议：为防范法律风险，总公司和分公司应共同加强内部管理，规范经营行为。总公司应定期对分公司进行审计和检查，确保其经营行为符合法律法规和授权要求。同时，分公司也应建立完善的质量管理体系和风险控制机制，确保经营活动的合法性和安全性。
四、实际操作中的注意事项
注册与备案：分公司在获得总公司授权后，应按照相关法律法规的要求进行注册和备案，取得相应的经营资质和许可。
遵循总公司战略和管理规定：分公司在经营活动中应遵循总公司的整体战略和管理规定，确保经营行为的协调性和一致性。
及时沟通与反馈：总公司和分公司之间应保持及时的沟通与反馈机制，共同应对经营过程中可能出现的问题和挑战。
建议：如果您在医疗器械领域有具体的法律问题或需要进一步的法律帮助，请直接向我咨询。我将根据您的具体情况提供专业的法律意见和解决方案。