违规套取公用经费2.9万元用于单位，属于违法行为，需承担相应法律责任，具体处理方式需根据实际情况和法律规定进行。以下从不同角度进行分析：
法律责任角度
根据《中华人民共和国刑法》及相关司法解释，套取公用经费可能涉及“贪污罪”或“挪用公款罪”。若行为人具有国家工作人员身份，且套取经费用于单位非正常开支（如违规发放福利、弥补经费缺口等），可能构成贪污罪；若经费被暂时挪用，但未用于个人目的，则可能构成挪用公款罪。
- 贪污罪：数额在3万元以上即达到“数额较大”标准，2.9万元虽未达刑事立案标准，但若存在多次贪污、情节严重等情形，仍可能被追究刑事责任。
- 挪用公款罪：挪用公款归个人使用，数额较大（一般5000元以上）且超过三个月未还，或进行营利活动、非法活动，即构成犯罪。若用于单位，需结合具体用途判断是否构成犯罪。
建议：立即停止违规行为，退还套取经费，并主动向单位或纪检监察机关说明情况，争取从轻处理。
单位内部处理角度
单位发现此类问题后，通常需按内部财务制度或纪律规定处理，包括：
- 追回经费：要求责任人退还套取资金，并补缴相关税费或利息。
- 纪律处分：根据单位规定，对责任人给予警告、记过、降级、撤职等处分。
- 整改措施：完善财务制度，加强审计监督，防止类似问题再次发生。
注意：单位处理需依法依规，不得超越权限或违反程序。
行政处罚角度
若套取经费行为违反《财政违法行为处罚处分条例》等行政法规，财政部门可对单位或责任人作出行政处罚，包括：
- 警告：对单位或责任人提出书面警告。
- 罚款：没收违法所得，并处违法金额一定比例的罚款。
- 通报批评：在系统内或公开场合通报违规行为。
提示：行政处罚不影响刑事责任的追究，若行为构成犯罪，仍需移送司法机关处理。
风险防范建议
- 立即整改：退还套取经费，纠正违规行为。
- 配合调查：如实向单位、纪检监察机关或司法机关说明情况。
- 法律咨询：涉及刑事风险时，及时咨询专业律师，制定应对策略。
- 完善制度：加强单位财务管理，规范经费使用流程。
总结：违规套取公用经费2.9万元用于单位，可能面临刑事、行政或纪律责任。建议立即停止行为，退还资金，并主动配合调查，以降低法律风险。如有进一步疑问，可直接向我咨询。