针对您提出的“基本农田上建房怎么处罚”的问题，以下是我为您提供的详细解答：
首先，必须明确指出，在基本农田上建房是违反《土地管理法》及相关法律法规的严重行为。基本农田作为国家特殊保护的耕地，其管理和使用受到极为严格的限制，任何单位或个人都不得擅自在基本农田保护区内进行非农建设活动，如建窑、建房、建坟等。
对于此类违法行为，相关部门将依法采取以下处理措施：
责令停止建设：一旦发现有人在基本农田上建房，相关行政主管部门（通常是自然资源主管部门）会立即责令建房者停止施工，以避免违法行为的进一步扩大。
限期拆除：对于已建成的违法建筑，行政机关会根据《土地管理法》的规定，要求当事人在规定的期限内自行拆除违法建筑，并恢复土地原状。这是处理此类违法行为的首要步骤，也是恢复基本农田种植功能的关键措施。
恢复种植条件：拆除房屋后，当事人需按照要求对被破坏的基本农田进行整治，包括平整土地、改良土壤等，以确保其基本种植功能得以恢复。
罚款：自然资源主管部门有权根据具体情况对违法建房者处以罚款。罚款金额通常依据违法情节的严重程度和占地面积等因素确定，旨在通过经济手段对违法行为进行惩戒。
刑事责任追究：如果非法占用基本农田的行为情节严重，达到《刑法》规定的标准，建房者还可能被追究刑事责任。根据相关法律解释，非法占用基本农田五亩以上或造成基本农田五亩以上种植条件严重毁坏，即属于“数量较大”和“造成耕地大量毁坏”，可能面临五年以下有期徒刑或者拘役，并处或者单处罚金的刑事处罚。
面对此类问题，我建议您：
主动沟通：与当地自然资源、农业农村等部门沟通，说明情况并寻求解决方案。这些部门可能会提供关于如何合法化建筑、调整土地利用规划或进行土地置换的建议。
寻求法律援助：如遇法律问题或纠纷，可寻求专业律师的帮助，以维护自身合法权益。
加强土地管理意识：从中吸取教训，遵守相关法律法规和政策要求。在进行任何建设活动之前，务必先了解当地的土地利用规划和政策要求，避免类似情况再次发生。
综上所述，对于在基本农田上建房这一违法行为，相关部门将依法进行严厉处理。建房者应积极配合处理，并寻求合法合规的解决方案，以确保自身权益的同时，也保护国家宝贵的土地资源。