针对您提出的“涉密合同超期未备案怎么处理”的问题，以下是我为您提供的详细解答：
首先，我们需要明确的是，涉密合同的备案管理通常遵循特定的法律法规和保密规定，这些规定可能因地区、行业或合同性质的不同而有所差异。但一般来说，处理涉密合同超期未备案的问题，可以遵循以下几个步骤：
一、分析法律后果
合同效力：首先，要确认涉密合同未备案是否影响其法律效力。在大多数情况下，合同的备案并非其生效的必经程序，未备案通常不会影响合同的法律效力，双方仍应按合同约定履行各自义务。但需注意，某些特定行业或地区的法规可能对此有特别规定。
处罚风险：其次，要了解未按时备案可能面临的处罚。根据相关法律法规，未按时备案可能面临劳动行政部门或其他相关部门的处罚，具体处罚措施需参照当地规定。
二、及时补办备案手续
准备材料：用人单位应尽快准备相关材料，包括但不限于涉密合同文本、用人单位的营业执照副本、相关保密资质证明、劳动者身份证明等。
前往指定机构：携带准备好的材料，前往负责涉密合同备案的指定机构（如保密行政管理部门或其指定的机构）办理备案手续。
说明原因并配合：在办理备案手续时，应如实说明超期备案的原因，并积极配合相关部门的要求，完成备案流程。
三、关注保密义务与劳动者权益保障
保密义务：涉密合同的备案不仅关乎合同效力，更关乎国家秘密的安全。因此，在补办备案手续的同时，用人单位应确保合同内容的保密性，防止国家秘密泄露。
劳动者权益保障：即使涉密合同未备案，劳动者的合法权益仍受法律保护。用人单位不得因未备案而侵害劳动者权益，如拖欠工资、未依法缴纳社会保险等。否则，用人单位需承担相应法律责任。
四、加强内部管理
完善制度：用人单位应建立健全涉密合同管理制度，明确合同备案的流程、时限和责任人，确保合同及时、准确地完成备案。
培训与教育：加强对相关人员的保密教育和培训，提高其对涉密合同备案重要性的认识，减少因疏忽或无知导致的未备案情况。
综上所述，处理涉密合同超期未备案的问题，需要用人单位从分析法律后果、及时补办备案手续、关注保密义务与劳动者权益保障以及加强内部管理等方面入手，确保涉密合同的合法性和安全性。希望这些建议能对您有所帮助。如有其他疑问或需要进一步的法律指导，请随时咨询。