单位以考核扣分扣绩效工资是否合法，需视具体情况而定，不能一概而论。以下是从不同角度对此问题的详细分析：
合法情形
有明确的规章制度与民主程序：
- 如果单位依法制定了绩效考核制度，并且该制度经过了职工代表大会或全体职工的讨论，同时向劳动者进行了公示或告知，那么单位根据该制度进行绩效考核并扣减绩效工资，通常是合法的。
- 规章制度中应明确绩效考核的标准、方式、周期以及绩效工资扣减的具体情形和比例，且这些规定不得违反法律法规的强制性规定。
劳动合同中有明确约定：
- 如果用人单位与劳动者签订的劳动合同中明确约定了绩效工资的发放条件和扣减规则，比如“因劳动者未能达到绩效考核标准，用人单位可以扣减绩效工资”，并且该条款不违反法律法规的强制性规定，那么单位根据劳动合同约定扣减绩效工资也是合法的。
考核过程合理公正且有证据支持：
- 绩效考核过程应公开透明，确保考核结果的客观性和公正性。单位需要有充分的证据证明员工的绩效确实未达到考核标准，如员工签字确认的绩效评估表、工作任务完成记录等。
- 扣减工资的比例和幅度应合理，避免过度扣减导致劳动者收入过低，且扣减后的工资不得低于当地最低工资标准。
非法情形
缺乏制度依据或未经民主程序：
- 如果单位没有制定相关的绩效考核制度，或者虽有制度但未经法定的民主程序制定，那么单位随意以绩效考核为由扣减绩效工资是不合法的。
考核标准不合理或不明确：
- 如果绩效考核标准设定得过于苛刻、不合理，或者模糊不清，使员工无法明确知道如何达到考核要求，那么单位以此为依据扣减绩效工资也是不合法的。
滥用绩效考核扣工资：
- 单位不得以绩效考核为手段进行恶意扣减或无故克扣工资，比如为降低成本而故意将大部分员工评定为不达标并扣减绩效工资，这种行为是违法的。
劳动合同或规章制度无相关约定：
- 如果劳动合同或企业规章制度中没有明确约定绩效工资，或者单位单方面从原有固定工资中拆分出一部分作为绩效工资，那么单位无权以绩效考核为由扣除绩效工资。
劳动者可以采取的措施
- 与单位协商：如果劳动者认为单位绩效考核扣绩效工资的行为不合法，首先可以尝试与单位进行协商沟通，表达自己的诉求和理由。
- 向劳动监察部门投诉：如果协商不成，劳动者可以向当地的劳动监察部门投诉，请求劳动监察部门对单位的违法行为进行调查和处理。
- 申请劳动仲裁：劳动者还可以向劳动争议仲裁委员会申请劳动仲裁，通过法律途径维护自己的合法权益。
若劳动者以扣绩效工资为由离职，需考虑是否符合法律规定的支付经济补偿的情形。根据《中华人民共和国劳动合同法》的相关规定，如果单位存在未及时足额支付劳动报酬等违法行为，劳动者可以解除劳动合同，并要求单位支付经济补偿。但在此情况下，劳动者需要证明单位扣减绩效工资的行为确实违反了法律法规或劳动合同约定，且该行为导致了劳动者离职。
总之，单位以考核扣分扣绩效工资是否合法，需根据具体情况进行判断。如果劳动者对此有疑问或认为单位的做法不合法，可以直接向我咨询，我会根据具体情况提供专业的法律意见。