若判决书明确要求追缴违法所得，但赃款已被用完，实践中通常按以下方式处理：

1. 责令退赔
   根据《刑法》第六十四条，犯罪分子违法所得的一切财物，应当予以追缴或责令退赔。若赃款已无法追缴（如被挥霍、转移或灭失），法院会责令被告人向被害人或国家退赔等值财物。例如，若公务员贪污公款100万元且已用完，法院会要求其以个人合法财产（如房产、存款等）退赔100万元。

2. 执行程序中的财产调查与强制措施

   • 法院执行部门会调查被告人的财产状况，包括银行账户、房产、车辆、投资等。
     
   • 若发现可执行财产，法院会直接划扣、拍卖或变卖用于退赔。
     
   • 若被告人拒不配合，法院可采取限制高消费、纳入失信被执行人名单、罚款甚至司法拘留等措施。

3. 分期退赔或延期执行
   若被告人确无立即退赔能力（如无财产、收入低），法院可能允许其分期退赔，并制定还款计划。但需注意，分期退赔不影响判决效力，若被告人未按计划履行，法院仍可强制执行。

4. 对被告人家庭财产的影响

   • 原则上，退赔责任仅限于被告人个人财产，不涉及配偶或子女财产（除非能证明财产混同或恶意转移）。
     
   • 若被告人将赃款用于家庭共同生活（如购房、子女教育），法院可能部分认定家庭成员受益，从而扩大执行范围，但需严格依法审查。

需特别注意的要点：

• 退赔义务不因赃款用完而免除，被告人需以其他财产履行。
  
• 若被告人无财产可执行，案件可能“终本”（终结本次执行程序），但一旦发现财产线索，法院可恢复执行。
  
• 退赔情况会影响被告人的减刑、假释条件，积极退赔可视为认罪悔罪表现。

建议：
若您或您身边的人涉及此类情况，建议主动与法院执行部门沟通，如实申报财产状况，争取分期退赔或协商解决方案，避免因拒不执行被采取更严厉的强制措施。如有具体案件细节需进一步分析，可直接向我咨询。