针对您提出的“施工许可证没有办理已经通过的竣工验收怎么处理”这一问题，我将结合相关法律法规和实际操作流程，为您进行详细解答。
首先，需要明确的是，根据《中华人民共和国建筑法》的相关规定，建筑工程开工前，建设单位应当按照国家有关规定向工程所在地县级以上人民政府建设行政主管部门申请领取施工许可证。未取得施工许可证或者开工报告未经批准擅自施工的，属于违法行为。
对于您的情况，即工程已经竣工并通过了验收，但施工许可证未办理，这确实是一个需要处理的问题。根据相关法律法规，对于此类情况，通常的处理方式如下：
责令改正与罚款：
- 相关部门会责令建设单位改正这一违法行为，即补办施工许可证（如果可能的话，但实际操作中，竣工后补办施工许可证的情况较为复杂，可能涉及重新评估工程合规性等问题）。
- 同时，根据《中华人民共和国建筑法》第六十四条以及《建筑工程施工许可管理办法》的相关规定，可以对建设单位和施工单位分别处以罚款。罚款的具体数额会根据违法情节的严重程度、工程合同价款等因素来确定。
工程款支付问题：
- 需要注意的是，无施工许可证的情况下，即使工程已经竣工并通过了验收，建设单位也可能面临无法顺利取得工程款的风险。因为施工许可证是工程合法开工和进行的重要前提，缺乏这一证件可能导致工程款支付流程受阻。
后续合规建议：
- 对于已经发生的情况，建议建设单位尽快与相关部门沟通，了解补办施工许可证的具体流程和可能性（尽管实际操作中可能较为困难）。
- 同时，建设单位应加强内部管理，确保未来所有工程项目都严格按照法律法规要求办理相关手续，避免类似问题的再次发生。
- 如果可能的话，建议建设单位咨询专业法律人士，以获取更具体、更针对性的法律建议。
综上所述，对于施工许可证没有办理但已经通过竣工验收的情况，建设单位需要面临责令改正、罚款等法律后果，并可能面临工程款支付的风险。因此，建议建设单位在未来的工程项目中严格遵守相关法律法规，确保所有手续都合法合规。