功能区执行行政强制措施是否合法，需根据具体情况判断，不能一概而论。以下从不同角度进行分析：
一、合法执行行政强制措施的情形
法律依据充分：
- 功能区（如经济开发区、高新技术产业开发区等）作为特定区域，其管理机构若被法律、法规明确授权，可以依法执行行政强制措施。例如，若功能区管理机构依据《中华人民共和国行政强制法》及相关地方性法规，对违反规划、环保等规定的建筑物或设施采取强制拆除等措施，且程序合法，则属于合法执行。
程序合规：
- 执行行政强制措施时，必须严格遵守法定程序，包括但不限于：事先催告当事人履行义务、听取当事人的陈述和申辩、作出强制执行决定并送达当事人、公告强制执行的时间和方式等。若功能区管理机构在执行过程中遵循了这些程序，则其执行行为合法。
目的正当：
- 行政强制措施的执行目的必须是为了实现公共利益或维护社会秩序。例如，为防止环境污染扩散而采取的紧急措施，或为保障公共安全而拆除的违法建筑等。若功能区管理机构的执行行为符合这一目的，则其合法性得到进一步支持。
二、可能存在的非法执行情形
超越职权：
- 若功能区管理机构未被法律、法规明确授权执行行政强制措施，或超越了其法定职权范围进行执行，则其行为可能构成非法。例如，未经授权擅自对公民财产进行查封、扣押等。
程序违法：
- 执行行政强制措施时，若未遵循法定程序，如未事先催告、未听取当事人陈述和申辩、未作出强制执行决定等，则其行为可能因程序违法而被认定为非法。
目的不当：
- 若功能区管理机构的执行行为并非为了实现公共利益或维护社会秩序，而是出于其他不当目的（如个人恩怨、利益输送等），则其行为可能构成滥用职权，从而被认定为非法。
三、法律建议
核实授权：
- 在面对功能区执行行政强制措施时，首先应核实其是否具备法律、法规的明确授权。若不具备授权，则其行为可能非法。
审查程序：
- 仔细审查功能区管理机构在执行过程中的程序是否合规。若存在程序违法的情况，可以依法提出异议或申请行政复议、提起行政诉讼等。
咨询专业律师：
- 若对功能区执行行政强制措施的合法性存在疑问，建议及时咨询专业律师。律师可以根据具体情况提供法律意见和帮助，维护当事人的合法权益。
若您遇到功能区执行行政强制措施的情况，并对其合法性有疑问，可以直接向我咨询。我将根据您的具体情况，提供详细的法律分析和建议。