结论：员工是否需要配合公司以名义发函调查客户，需分情况讨论，具体如下：

1. 若调查行为合法合规且与员工职责相关
   根据《劳动合同法》第八条，用人单位有权了解劳动者与劳动合同直接相关的基本情况。若公司发函调查客户属于正常业务管理范畴（例如核实客户合作真实性、防范商业风险），且调查内容不涉及员工隐私或违反法律强制性规定，员工通常需配合履行职务行为。但需注意：

   • 公司应明确调查目的、范围及方式，避免过度收集信息；
     
   • 员工若认为调查内容超出合理范围（如要求提供客户个人隐私信息），可要求公司说明合法性依据。

2. 若调查行为存在违法或侵权情形

   • 侵犯客户隐私：根据《民法典》第一千零三十二条，自然人享有隐私权。若公司发函要求员工提供客户非公开信息（如家庭住址、消费习惯等），且未取得客户明确同意，员工有权拒绝配合，否则可能构成共同侵权。
     
   • 违反劳动合同约定：若员工劳动合同中明确约定“不得泄露客户信息”或“仅限特定范围内处理客户数据”，而公司发函行为超出约定范围，员工可依据合同条款拒绝。
     
   • 涉嫌不正当竞争：若调查目的为获取竞争对手客户信息以谋取不正当利益，可能违反《反不正当竞争法》，员工配合可能承担连带责任。

3. 若公司调查程序存在瑕疵
   即使调查目的合法，若公司未履行内部审批流程（如未通过法务或合规部门审核）、未向员工说明调查依据或未提供必要保障措施（如信息保密承诺），员工可要求公司完善程序后再行配合。

建议：

• 员工收到调查函后，首先核实公司调查的合法性及必要性，可要求公司提供书面依据；
  
• 若对调查内容存疑，建议通过书面形式（邮件或函件）向公司提出异议，并保留沟通记录；
  
• 如公司坚持违法调查，员工可向劳动监察部门投诉或通过法律途径维权。
  

如有具体案例或合同条款需进一步分析，可直接向我咨询。