关于公司能否因员工在公司内搞男女关系而将其开除，以及如何在制度上做出规定的问题，这是一个涉及公司规章制度、员工行为性质和法律法规的综合考量。以下是我为您提供的详细分析：
一、公司能否开除因在公司内搞男女关系的员工？
结论：这主要取决于公司的规章制度是否明确且合法，以及员工的行为是否违反了这些规定或影响了正常工作秩序和职业道德。
公司规章制度的合法性及适用性：
- 若公司有明确且合法的规章制度，将不当男女关系（如严重影响工作秩序、违背职业道德等）列为严重违纪行为，并且该规章制度的制定经过了民主程序（如员工代表大会讨论、投票等），且已向员工公示并告知，那么公司在员工出现此类行为时，依据该规章制度开除员工，通常会被认定为合法解除劳动关系。
- 若公司没有此类规章制度，或者虽有规定但制定程序不合法（如未经民主程序、未向员工公示等），公司直接以员工在公司搞男女关系为由将其开除，则很可能会被认定为违法解除劳动合同，员工有权要求公司支付赔偿金。
员工行为的性质及影响：
- 如果男女关系并未影响到工作效率、团队氛围，也没有违反公司的明文规定或职业道德，那么公司一般不能仅凭此理由开除员工。员工的私人生活，除非涉及违法行为或严重影响工作，否则公司无权干涉。
- 然而，如果这种关系导致了工作效率下降、团队氛围变差，或者确实违反了公司的明确规章制度（如禁止办公室恋情等），那么公司就有权按照规矩来处理，包括但不限于开除员工。
特殊情况的考虑：
- 如果男女关系涉及性骚扰、不正当利益交换等违法行为，即使公司没有相应制度，公司基于维护正常工作秩序和其他员工权益等合理理由，也有权开除涉事员工，并且这种行为可能会得到法律的支持。此外，涉事员工还可能面临法律责任。
二、如何在制度上做出规定？
明确规章制度：
- 公司应制定明确的规章制度，对员工在工作场所的男女关系行为进行规范。规章制度中应明确哪些行为是禁止的，以及违反这些规定将面临的后果。
民主程序与公示：
- 规章制度的制定应经过民主程序，如员工代表大会讨论、投票等，确保规章制度的合法性和合理性。同时，规章制度应向员工公示并告知，确保员工了解并遵守。
合理性与适度性：
- 规章制度应合理且适度，不应过分干涉员工的私人生活。在制定规章制度时，应充分考虑员工的权益和公司的利益，寻求平衡点。
定期审查与更新：
- 公司应定期审查规章制度，确保其与法律法规和公司实际情况保持一致。同时，根据实际情况和员工反馈，及时更新规章制度，以适应公司发展的需要。
三、总结与建议
公司在处理员工因男女关系而可能引发的劳动纠纷时，应首先审查自身的规章制度是否合法且完善。同时，要客观评估员工行为对公司的影响，确保在处理过程中既维护公司的合法权益，又尊重员工的个人权利。对于涉及违法行为的员工，公司应坚决依法处理，以维护良好的工作环境和秩序。此外，公司还应加强员工教育和培训，提高员工的法律意识和职业道德水平，减少类似纠纷的发生。