结论：关于承包地被别人埋上坟并签了协议一次性付给村民两万块钱是否法律允许的问题，这并非一个简单的“允许”或“不允许”的判断，而是需要依据具体情况和相关法律法规进行综合分析。
一、法律角度分析
土地使用权与所有权：
- 承包地通常属于农村集体所有，村民享有的是土地承包经营权，而非所有权。因此，任何对承包地的使用或处置，都需在法律框架内进行，且不得损害集体和其他村民的合法权益。
- 若协议内容违反了土地管理法规或侵犯了集体或其他村民的权益，则该协议可能无效。
协议内容合法性：
- 协议中一次性付给村民两万块钱作为补偿，这一条款本身并不违法，但关键在于补偿的合理性、协议签订的程序以及是否违反了相关法律法规的强制性规定。
- 若协议是在平等、自愿、公平的基础上签订的，且补偿金额合理，未损害集体或其他村民的利益，则该协议在法律上可能是有效的。
公序良俗原则：
- 埋坟行为可能涉及公序良俗问题。在中国传统文化中，土地被视为神圣不可侵犯的，尤其是用于农业生产的土地。埋坟可能被视为对土地的不尊重或滥用，从而引发社会争议。
- 若埋坟行为违反了当地的公序良俗或风俗习惯，即使协议在法律上有效，也可能面临社会舆论的压力或行政干预。
二、实际操作建议
审查协议内容：
- 仔细审查协议条款，确保补偿金额合理、协议签订程序合法，且未违反相关法律法规的强制性规定。
- 若协议中存在模糊或不确定的条款，建议咨询专业律师进行解读和修改。
考虑社会影响：
- 在签订协议前，应充分考虑埋坟行为可能引发的社会影响和舆论压力。
- 若可能引发争议或不满，建议与相关方进行充分沟通，寻求妥善解决方案。
遵守法律法规：
- 在任何情况下，都应遵守相关法律法规和行政规定，不得损害集体或其他村民的合法权益。
- 若埋坟行为违反了法律法规或行政规定，可能面临行政处罚或法律责任。
三、可能的法律后果
协议无效：
- 若协议内容违反了法律法规的强制性规定或侵犯了集体或其他村民的权益，则该协议可能被认定为无效。
行政处罚：
- 若埋坟行为违反了土地管理法规或相关行政规定，可能面临行政处罚，如罚款、责令恢复原状等。
民事责任：
- 若因埋坟行为给集体或其他村民造成了损失，可能需承担相应的民事责任，如赔偿损失等。
建议：在处理此类问题时，务必谨慎行事，确保协议内容合法、合理，并充分考虑社会影响和舆论压力。若存在疑问或不确定之处，建议直接向我咨询，以便获得更具体、更专业的法律建议。