政府采购代理合同可以通过系统在线签订，但具体是否在系统里签订需依据当地公共资源交易中心的规定及项目要求来确定。以下从不同角度为您详细分析：

一、政策推动与系统应用

近年来，随着“互联网+政府采购”工作的深入推进，许多地区的公共资源交易中心都加快了政府采购电子化交易的步伐。例如，定西市公共资源交易中心就新增了政府采购合同在线签订功能，并实现了政府采购信息全过程公开、活动全流程电子化。这意味着，在该中心发布中标（成交）通知书的政府采购项目，全面实行了政府采购合同电子化，即可以通过系统在线签订政府采购代理合同。

二、在线签订流程

如果当地公共资源交易中心支持在线签订政府采购代理合同，那么签订流程通常如下：

1. 市场主体信息库申报：采购人和代理机构需先完成市场主体信息库的申报，这是在线签订合同的前提条件之一。
2. 中标通知书备案：采购人的项目需由代理公司在交易系统完成中标通知书备案。
3. 合同备案页面操作：进入合同备案页面后，填写合同编号，并上传电子版合同。合同需加盖公章后选择提交备案。
4. 在线签章与确认：提交流程到中标单位，中标单位查看合同内容，确认无误后在线签章完成备案流程。若对合同内容有异议，可以退回给采购人，采购人重新修改合同内容后再次发起备案流程。

三、非在线签订的情况

尽管许多地区都在推进政府采购电子化交易，但仍有部分地区或项目可能因各种原因（如技术条件限制、项目特殊性等）未采用在线签订方式。在这种情况下，政府采购代理合同可能仍需通过传统的纸质方式签订。

四、法律建议

1. 了解当地规定：在签订政府采购代理合同前，建议先了解当地公共资源交易中心的规定及项目要求，以确定是否可以通过系统在线签订。
2. 保留证据：无论采用何种签订方式，都应确保合同内容的完整性和准确性，并保留好相关证据（如电子版合同、签章记录等），以备不时之需。
3. 咨询专业人士：如果在签订过程中遇到任何法律问题或疑虑，建议及时咨询专业律师或相关机构，以确保合同的合法性和有效性。

如果您在政府采购代理合同签订过程中遇到任何法律问题或需要进一步的法律建议，请随时向我咨询。我会根据您的具体情况，为您提供专业、全面的法律服务。