镇政府自行组织人员进行本单位审计，其合法性需视具体情况而定，不能一概而论。以下是从不同角度对此问题的详细分析：

1. 审计主体与权限

• 内部监督的合法性：镇政府作为行政机关，有权对其内部事务进行管理和监督，包括财务审计。这种内部监督机制是行政机关自我管理、自我完善的重要方式。因此，从广义上讲，镇政府自行组织审计是其内部管理权限的一部分。
• 专业性与独立性：然而，审计工作的专业性和独立性要求较高。如果镇政府自行组织的审计人员缺乏必要的审计专业知识和经验，或者审计过程受到内部干扰，那么审计结果的客观性和公正性可能会受到影响。这种情况下，自行组织审计可能存在合法性上的瑕疵。

2. 法律法规的遵循

• 审计法规的适用：根据《中华人民共和国审计法》及相关规定，审计工作应当遵循法定程序和标准，确保审计的公正性和客观性。如果镇政府自行组织的审计活动能够严格遵守这些法规，那么其合法性是可以得到保障的。
• 外部审计的补充：尽管镇政府有权自行组织审计，但在某些情况下，如涉及重大财务事项或公众利益时，引入外部审计机构进行独立审计可能更为合适。这有助于增强审计的公正性和透明度，提升公众对审计结果的信任度。

3. 实际操作中的建议

• 提升审计专业性：如果镇政府决定自行组织审计，应当确保审计人员具备必要的审计专业知识和经验，或者通过培训等方式提升其审计能力。
• 保持审计独立性：在审计过程中，应当避免内部干扰，确保审计的独立性和客观性。这可以通过建立严格的审计程序和监督机制来实现。
• 考虑外部审计：对于重大财务事项或公众利益密切相关的审计项目，镇政府可以考虑引入外部审计机构进行独立审计，以增强审计的公正性和透明度。

4. 可能的法律后果

• 如果审计合法：如果镇政府自行组织的审计活动严格遵守了相关法律法规和审计标准，那么其审计结果将具有法律效力，可以作为内部管理、决策和外部监督的依据。
• 如果审计不合法：如果审计活动存在违法违规行为，如审计程序不合法、审计人员不具备相应资质、审计结果不客观不公正等，那么审计结果可能无效，甚至可能引发法律责任。

总结与建议：

镇政府自行组织人员进行本单位审计的合法性取决于多个因素，包括审计主体的专业性、独立性、法律法规的遵循情况等。在实际操作中，镇政府应当确保审计活动的合法性和有效性，避免因审计不当而引发的法律风险。如果镇政府在审计方面存在疑问或需要进一步的法律指导，可以直接向我咨询，我将根据具体情况提供专业的法律意见。