农田和耕地被占用，主要由自然资源主管部门和农业农村主管部门来管理。以下是具体的管理部门和相应的处理方式：

1. 自然资源主管部门：

   • 职责：该部门负责对非法占用耕地行为进行查处。一旦发现非法占用耕地的情况，自然资源主管部门有权责令退还土地，并限期拆除违法建筑等。
   • 处理方式：如果您发现农田或耕地被非法占用，可以向当地的自然资源主管部门举报。该部门会依据《土地管理法》等相关法律法规进行调查处理，对违规者给予相应的行政处罚。

2. 农业农村主管部门：

   • 职责：农业农村主管部门在耕地保护等方面也承担着重要职责，可以协同自然资源主管部门开展工作。
   • 处理方式：同样，如果您发现农田或耕地被占用，也可以向农业农村主管部门反映情况。该部门会根据其职责范围进行相应的处理，并与自然资源主管部门保持沟通协调，共同维护农民的耕地权益。

在处理过程中，您需要注意以下几点：

• 准备证据：在举报或反映情况时，务必准备好相关证据，如土地承包经营权证、土地使用权证或其他能证明您合法权益的文件。这些证据将有助于相关部门更准确地了解情况，并作出相应的处理。
• 及时举报：一旦发现农田或耕地被占用，应尽快向相关部门举报。拖延时间可能会导致证据灭失或情况恶化，增加处理的难度。
• 配合调查：在相关部门进行调查时，您应积极配合，提供必要的协助和信息。这有助于加快调查进度，提高处理效率。

如果占用行为涉嫌犯罪，如非法占用农用地罪等，您还可以向公安机关报案。公安机关将依法进行调查和处理，对犯罪嫌疑人追究刑事责任。

最后，我想强调的是，农田和耕地是农民的重要生产资料，也是国家粮食安全的重要保障。任何非法占用农田和耕地的行为都是违法的，都将受到法律的制裁。因此，如果您发现农田或耕地被占用，一定要及时向相关部门举报，维护自己的合法权益。如果您在此过程中有任何疑问或需要进一步的法律帮助，请随时向我咨询。