结论：自然人借款一般不能用事业单位的工程款直接抵债。以下从不同角度进行分析：

从合同相对性角度

1. 借款合同关系：自然人之间的借款合同，其债权债务关系仅存在于借款双方之间。例如，甲向乙借款，那么甲有义务按照约定向乙偿还借款本金及利息，乙对甲享有债权。
2. 工程款合同关系：事业单位的工程款是基于其与承包方（如建筑公司等）之间的建设工程合同产生的。比如，某事业单位与A建筑公司签订了办公楼建设合同，约定工程完工后事业单位向A建筑公司支付工程款。这两者是不同的法律关系，合同具有相对性，借款合同的当事人不能直接突破这种相对性去处置工程款。

从财产归属角度

1. 事业单位财产性质：事业单位的工程款属于该单位的财产，其所有权归事业单位。除非有合法的依据，如法院判决、双方合法有效的协议等，否则任何个人或单位都不能随意处置。例如，不能因为自然人丙欠丁钱，就擅自将事业单位的工程款用来偿还丙的债务。
2. 自然人无权处置：自然人借款的债务人没有权利将事业单位的工程款用于抵债。如果债务人试图这样做，可能构成对事业单位财产权的侵害，事业单位有权要求返还并追究相关责任。

特殊情况分析

1. 合法协议情况：如果事业单位、借款债务人以及债权人三方达成合法有效的协议，并且该协议不违反法律法规的强制性规定和公序良俗，那么可能可以实现用工程款抵债。例如，事业单位同意将其对某承包方的工程款债权转让给债权人，以抵偿借款债务人的债务，同时承包方也同意该债权转让，这种情况下是可行的。但这种情况需要严格的法律程序和书面协议来保障各方的权益。
2. 法院执行情况：在借款纠纷进入法院执行程序后，如果借款债务人对事业单位享有到期债权，法院可以依据相关法律规定向事业单位发出履行到期债务的通知。但事业单位对到期债务有异议的，法院不得强制执行，且这种执行程序也有严格的法律规定和操作流程，不是简单的直接抵债。