针对您提出的问题，即以物抵债因被其他案子将抵顶的房屋查封，现能否主张涉案工程款，以下是我的详细分析：

1. 以物抵债协议的法律效力：

   • 首先，需要确认以物抵债协议是否合法有效。如果协议是双方真实意思表示，且不违反法律法规的强制性规定，那么该协议通常具有法律效力。
   • 在协议有效的情况下，如果抵债的房屋因其他案件被查封，这可能会影响到以物抵债协议的履行。但查封本身并不直接导致以物抵债协议的无效，只是可能使得协议无法按原计划执行。

2. 查封对以物抵债的影响：

   • 查封是司法机关为保障债权实现而采取的一种强制措施。当房屋被查封时，其所有权或使用权可能受到限制，无法自由转让或处置。
   • 如果以物抵债的房屋被查封，且查封的债权优先于您的工程款债权，那么您可能无法直接通过以物抵债的方式实现债权。此时，您需要关注查封的债权性质、金额以及查封的顺序等因素。

3. 主张涉案工程款的途径：

   • 参与分配：如果查封的房屋进入执行阶段，且存在多个债权人，您可以考虑申请参与分配。在参与分配的过程中，您可以主张自己的工程款债权，并按照法定顺序受偿。
   • 提起诉讼：如果认为查封行为侵犯了您的合法权益，或者与查封债权人存在争议，您可以考虑提起诉讼。通过诉讼，您可以要求确认自己的债权、解除查封或者主张其他相关权利。
   • 协商与和解：在可能的情况下，您也可以尝试与查封债权人进行协商，寻求和解的可能性。例如，双方可以协商调整抵债方案、分期偿还债务等。

4. 法律建议与风险提示：

   • 在处理此类问题时，建议您及时咨询专业律师，以便更准确地了解自己的法律地位和权利义务。
   • 同时，您需要关注相关案件的进展情况，包括查封的解除、执行程序的推进等，以便及时调整自己的策略。
   • 需要注意的是，即使您能够主张涉案工程款，也可能面临执行难、执行周期长等问题。因此，在主张债权的同时，您也需要做好风险管理和应对准备。

综上所述，以物抵债因被其他案子将抵顶的房屋查封时，您仍然有可能主张涉案工程款。但具体能否实现以及实现的途径和效果，需要根据案件的具体情况、相关法律法规以及司法实践进行综合判断。如果您在此过程中遇到任何问题或需要进一步的法律帮助，请随时向我咨询。