劳动合同纠纷中，总公司和分公司一般不能一并立案，但具体需视纠纷性质和法律关系而定。以下从不同角度为您详细分析：

1. 法律主体资格角度

• 总公司与分公司是独立法律主体：根据《公司法》及相关规定，总公司是独立法人，分公司虽不具有独立法人资格，但通常具有营业执照，能以自己名义从事民事活动。在劳动合同纠纷中，若劳动者与总公司或分公司单独签订劳动合同，则纠纷主体明确，一般需分别立案。
• 例外情形：若劳动者同时与总公司和分公司存在劳动关系（如总分公司共同用工），且纠纷涉及两者共同责任，理论上可尝试一并立案。但实践中，法院可能要求明确责任主体，或建议分别起诉后通过追加被告等方式解决。

2. 劳动合同签订与履行角度

• 单独签订合同：若劳动者仅与总公司或分公司签订劳动合同，则纠纷主体唯一，需向对应主体主张权利，无法一并立案。
• 共同用工情形：若总分公司共同参与用工（如总公司招聘，分公司实际管理），劳动者可主张两者承担连带责任。此时，虽法律上可能支持一并处理，但程序上仍需明确被告身份，法院可能要求分别立案或通过其他程序合并审理。

3. 仲裁与诉讼程序角度

• 仲裁前置原则：劳动争议需先经仲裁，对仲裁不服方可起诉。仲裁阶段，劳动者需明确被申请人（总公司或分公司），无法直接将两者列为共同被申请人。
• 诉讼阶段灵活性：起诉时，若法院认为总分公司责任不可分，可能允许追加被告或合并审理。但此需法院审查后决定，非必然结果。

4. 实务建议

• 明确合同相对方：签订劳动合同时，务必明确用人单位是总公司还是分公司，避免责任主体模糊。
• 收集共同用工证据：若存在总分公司共同用工，需收集招聘、管理、工资发放等证据，以证明两者责任关联。
• 咨询专业律师：针对具体案件，建议携带合同、证据等材料咨询律师，制定个性化诉讼策略。

总结：劳动合同纠纷中，总公司和分公司能否一并立案需结合纠纷性质、法律关系及程序要求综合判断。实践中，单独立案更为常见，但共同用工等特殊情形下，可通过追加被告等方式实现类似效果。如有疑问，欢迎直接向我咨询，我将根据您的具体情况提供专业法律意见。