员工离职时，老板扣除调休的工资是否合法，需根据具体情况判断。以下从不同角度进行分析：
一、一般原则
根据《中华人民共和国劳动法》及相关法律法规，劳动者享有取得劳动报酬的权利，这包括正常工作时间的工资以及调休等福利对应的工资。用人单位应当按照劳动合同约定和国家规定，及时足额支付劳动报酬，不得无故克扣员工的工资，包括调休对应的工资。
二、不合法扣工资的情况
无正当理由随意克扣：
- 若员工按照法律规定的程序提前通知用人单位辞职（如试用期内提前三日，试用期满后提前三十日以书面形式），并完成了正常的工作交接，且不存在违反劳动合同或公司规章制度的行为，此时老板扣除调休的工资属于违法行为。
以不合理理由克扣：
- 例如，老板以员工辞职影响工作进度、未找到接替人员等为由扣除调休的工资，这些通常是不合理的。员工依法享有辞职权利，只要履行了法定程序，用人单位不能以此为由克扣工资。
三、合法扣工资的情形（虽不直接涉及调休，但为全面分析，一并列出）
违反服务期约定：
- 如果用人单位为劳动者提供了专项培训费用，并与其订立了协议约定服务期，而劳动者在服务期未满时辞职，则属于违反服务期约定，应按约定向用人单位支付违约金。但此情形通常不涉及调休工资的扣除。
违反竞业限制约定：
- 当员工与用人单位签订了竞业限制协议，并在离职后违反了该约定，应按照约定向用人单位支付违约金。同样，此情形也不涉及调休工资的扣除。
因员工过错造成单位损失：
- 如果员工在工作过程中因故意或重大过失给用人单位造成了经济损失，并且用人单位能够依法证实这一点，那么可以从员工的工资中扣除相应的赔偿金。但每月扣除的部分不得超过员工当月工资的20%，且扣除后的剩余工资部分不得低于当地月最低工资标准。此情形下，若调休工资属于当月工资的一部分，且扣除后剩余工资不低于最低工资标准，则可能合法扣除相应部分以赔偿损失。但需注意，调休工资作为员工应享的福利，其扣除应严格遵循法律规定，避免滥用。
四、维权途径
如果遭遇用人单位无正当理由扣除调休工资的情况，员工可以通过以下途径维护自身权益：
与用人单位协商：
- 首先尝试与用人单位进行协商解决，要求其支付被扣的调休工资。
向劳动监察部门投诉：
- 若协商无果，可以向当地劳动监察部门投诉，由劳动监察部门责令用人单位限期支付。
申请劳动仲裁：
- 若用人单位仍未支付，员工可以申请劳动仲裁，要求用人单位支付调休工资及相应的经济补偿。在申请仲裁时，员工需要提供劳动合同、工资条、调休记录等相关证据来支持自己的主张。
总结：员工离职时，老板扣除调休的工资是否合法，需根据具体情况判断。在大多数情况下，用人单位不得无故克扣员工的调休工资。若遭遇无故克扣，员工应通过合法途径进行维权。如有任何疑问或需要进一步的法律帮助，请直接向我咨询。