结论：治疗结束后向保险公司提交材料，不影响后续进行三期鉴定，但需注意时间节点和程序要求。以下是具体分析：

1. 三期鉴定的性质与时间要求

三期鉴定（误工期、护理期、营养期鉴定）属于司法鉴定范畴，目的是明确伤者因交通事故导致的实际损失期限。根据《人体损伤致残程度分级》及司法实践，三期鉴定可在治疗终结后进行，但需注意：

• 治疗终结的定义：指临床医学一般原则认可的临床效果稳定，或经治疗后症状消失、功能恢复稳定的状态。若后续仍需持续治疗（如康复、二次手术），则可能未达到终结标准。
• 时间限制：法律未明确规定三期鉴定的具体时限，但需在诉讼时效内（通常为事故发生后3年）完成，否则可能影响赔偿主张。

2. 提交材料后仍可申请鉴定的情形

若您已向保险公司提交治疗材料（如病历、发票等），但未签订赔偿协议或启动诉讼，仍可申请三期鉴定，原因如下：

• 材料提交≠赔偿终结：提交材料仅是理赔流程的一部分，保险公司需根据完整证据（包括鉴定结论）核定赔偿金额。若未达成一致，您有权补充鉴定。
• 鉴定对赔偿的影响：三期鉴定结论直接影响误工费、护理费、营养费的计算。若未鉴定，保险公司可能按最低标准或默认期限赔付，导致您权益受损。

3. 需注意的程序要点

• 及时申请：建议在提交材料后尽快联系保险公司或法院（如已起诉），明确是否需要鉴定。若保险公司拒绝，可通过诉讼程序申请法院委托鉴定。
• 鉴定机构选择：需选择具有司法鉴定资质的机构，避免自行委托非正规机构导致结论不被采信。
• 证据保留：保留所有治疗记录、沟通记录，以备鉴定或诉讼时使用。

4. 实务建议

• 若未签订赔偿协议：立即申请三期鉴定，并书面通知保险公司，要求按鉴定结果调整赔偿金额。
• 若已签订协议：需审查协议是否明确放弃后续索赔权利。若未明确，仍可主张鉴定差额（但需在诉讼时效内）。
• 若进入诉讼：在举证期限内申请法院委托鉴定，确保结论的权威性。

总结：治疗结束后提交材料不影响三期鉴定，但需尽快行动以固定证据。如有具体案件细节（如是否起诉、保险公司态度等），可进一步向我说明，我会为您制定更精准的应对方案。