总公司签合同后，分公司在得到总公司明确授权，并且合同对方同意的情况下，是可以代总公司收款的。但这一操作需确保符合相关法律法规，以规避潜在的税务风险及后续纠纷。以下从不同角度为您详细分析：
一、法律层面分析
分公司法律地位：
- 分公司作为总公司的分支机构，并不具备独立的法人资格，其民事责任由总公司承担。这意味着，分公司虽然可以参与经营活动，但其行为后果最终由总公司负责。
- 根据《公司法》的相关规定，分公司不具有法人资格，其民事责任由公司（即总公司）承担。这一规定为分公司代总公司收款提供了法律基础。
合同履行方式变更：
- 根据《民法典》等相关法律规定，合同双方可通过协商一致变更合同履行方式。因此，总公司签订合同后，若双方同意由分公司收款，并不违反法律强制性规定，具有合法性。
二、实际操作建议
明确合同约定或补充协议：
- 为防止后续纠纷，建议在总公司签订的合同中直接明确约定由分公司收款。这样，合同对方在签署合同时即已知晓并同意收款方式，减少了后续争议的可能性。
- 若合同中未明确约定由分公司收款，可签订补充协议，由合同双方及分公司共同确认分公司收款的具体事宜，包括但不限于收款账户信息、收款权限等。
税务处理的合规性：
- 确保发票开具与业务实质相符。通常，由提供服务或货物的总公司开具发票，分公司收款不影响总公司的开票义务。
- 避免资金流、发票流和业务流不一致导致的税务风险。建议咨询专业税务人员，确保税务处理符合相关规定，避免因税务问题引发的法律风险。
分公司的合法性与授权：
- 分公司必须具备合法的营业执照和相应的经营范围，否则不能随意收款。总公司应确保分公司具备合法经营资格，避免因分公司非法经营而引发的法律责任。
- 总公司应通过内部文件等形式，明确分公司收款的权限范围、收款流程等，并对分公司收款行为进行监督和管理。同时，提供明确的委托或授权证明给分公司，确保其收款行为的合法性。
沟通与协商：
- 在实际操作前，务必与合同对方进行充分沟通，确保其同意由分公司收款。若对方有疑虑或不同意，应寻求其他解决方案，如由总公司直接收款或通过其他合法途径解决。
三、潜在法律后果
- 若未按照上述建议操作，可能导致合同对方对收款方式产生异议，进而引发合同纠纷。
- 税务处理不当可能引发税务风险，如被税务机关认定为偷税漏税等违法行为，面临罚款、滞纳金等法律责任。
- 若分公司未经授权擅自收款，可能构成无权代理，总公司需承担因此产生的法律责任。
综上所述，总公司在签订合同后，若需由分公司收款，应确保符合相关法律法规，并通过明确的合同约定、合规的税务处理、合法的分公司授权以及与合同对方的充分沟通来规避潜在风险。如有任何疑问或需要更详细的法律咨询，请直接向我提问。