农业农村部门在处理土地仲裁时，通常会采取一系列系统而细致的措施来确保仲裁工作的公正、高效与有序进行。以下是一个详细的解答：

一、加强队伍建设，夯实仲裁基础

农业农村部门会高度重视仲裁队伍的建设，这是确保仲裁工作顺利进行的关键。他们会通过聘任专业人员来充实仲裁队伍，这些人员可能包括来自法院、检察院、司法局的退休专业人员，以及高校法学教师等，他们具备丰富的法律知识和实践经验。同时，农业农村部门还会设立专门的仲裁办公室，并配备足够的工作人员，如书记员、案件登记人员和案件调查人员等，以确保仲裁工作的各项事务能够得到及时、准确、高效的处理。

二、加大经费保障，赋能仲裁事业

为了保障仲裁工作的顺利开展，农业农村部门会积极争取政府的经费支持。这些经费将用于支付仲裁员的工作补助、学习培训费用、仲裁办公室的工作经费以及仲裁员的服装费用等。通过合理的经费安排，可以确保仲裁员得到应有的报酬，从而激发他们的工作积极性，同时也为仲裁事业的持续发展提供有力保障。

三、强化仲裁培训，提高仲裁水平

为了提高仲裁员的职业能力，农业农村部门会定期组织仲裁培训。这些培训会邀请全国知名的专家来授课，内容涵盖农村土地承包政策、仲裁文书制作、仲裁案例分析等方面。通过培训，仲裁员可以更加深入地了解相关法律法规和政策要求，掌握仲裁工作的技巧和方法，从而提高仲裁工作的质量和效率。

四、创新工作机制，加强区镇联动

为了保障仲裁工作的规范化、制度化发展，农业农村部门会创新工作机制。他们会编写仲裁工作实务手册，涵盖农村土地承包和仲裁方面的法律、法规、规范性文件、仲裁文书范本和仲裁案例分析等，为仲裁工作提供学习范本。同时，他们还会建立区、镇、村三级联动工作机制，各村（居）设立调处小组，各镇、涉农街道相应成立调解委员会。通过这种机制，可以确保土地纠纷案件在经过镇、村两级调解后才能申请仲裁，从而尽量将矛盾化解在基层，减轻信访维稳工作的压力，维护农村社会的稳定。

五、具体仲裁流程

在实际操作中，当发生土地纠纷时，当事人可以向当地的农村土地承包仲裁委员会提出仲裁申请。仲裁委员会在收到申请后，会进行案件登记和初步审查，确定是否符合受理条件。如果符合条件，仲裁委员会将组织仲裁庭进行审理，并根据事实和法律规定作出裁决。裁决作出后，如果当事人对裁决结果有异议，可以在规定期限内向人民法院提起诉讼。

综上所述，农业农村部门在处理土地仲裁时，会从队伍建设、经费保障、仲裁培训、工作机制创新等多个方面入手，确保仲裁工作的公正、高效与有序进行。