单位副总经理行贿3万5，现纪委询问让其当证人，仍然有可能会被起诉。不过，具体是否起诉还需根据案件的具体事实和法律程序进行判断。以下是对此问题的详细分析：

一. 行贿行为的法律定性

根据《中华人民共和国刑法》第三百八十九条的规定，为谋取不正当利益，给予国家工作人员以财物的，是行贿罪。单位副总经理行贿3万5，已经构成了行贿罪的基本要件，即实施了给予国家工作人员财物的行为，且主观上具有谋取不正当利益的目的。

二. 证人身份与行贿行为的关系

1. 证人身份：单位副总经理被纪委询问并让其作为证人，说明纪委在调查过程中需要其提供与案件相关的证言或证据。作为证人，其有义务如实陈述所知情况，这是《中华人民共和国监察法》第十八条所规定的。
2. 行贿行为的独立性：然而，证人身份并不影响行贿行为的独立性和违法性。行贿行为本身是违法的，且根据《中华人民共和国刑法》第三百九十条的规定，行贿行为应受到相应的刑罚处罚。

三. 影响起诉的因素

1. 行贿情节与后果：行贿的数额、次数、对象以及谋取不正当利益的性质和程度等，都是影响是否起诉的重要因素。虽然行贿3万5在数额上可能不算巨大，但具体是否起诉还需综合考虑其他因素。
2. 主动交待与配合调查：根据《中华人民共和国刑法》第三百九十条的规定，行贿人在被追诉前主动交待行贿行为的，可以从轻或者减轻处罚。如果单位副总经理在被询问时能够主动交待行贿行为，并积极配合调查，这可能会对其处理结果产生积极影响。
3. 证据充分性：根据《中华人民共和国刑事诉讼法》第五十五条的规定，对一切案件的判处都要重证据，重调查研究。因此，是否起诉还需考虑证据的充分性和确凿性。如果单位副总经理作为证人提供了关键证据，这可能会影响对其行贿行为的处理，但并不意味着其就不会被起诉。

四. 建议与结论

1. 如实陈述：作为证人，单位副总经理应如实陈述所知情况，不得提供虚假证言。
2. 主动交待：如果其确实存在行贿行为，建议在被询问时主动交待，并积极配合调查，以争取从轻或减轻处罚的机会。
3. 法律程序：具体是否起诉还需根据案件的具体事实和法律程序进行判断。如有进一步需要，您可以继续咨询我。

我的观点是，虽然单位副总经理作为证人提供了证言，但其行贿行为本身并不因此而变得合法或免受追究。是否起诉还需综合考虑行贿情节、后果、主动交待情况以及证据充分性等多种因素。