政府采购合同在法律上主要被认定为民事合同，而非行政合同。以下是对此问题的详细分析：

一、法律依据与观点阐述

1. 《政府采购法》的明确规定：

   • 根据《政府采购法》第四十三条，政府采购合同适用合同法（现《民法典》合同编）。这一规定直接明确了政府采购合同的民事合同属性。
   • 采购人和供应商之间的权利和义务，应当按照平等、自愿的原则以合同方式约定，这进一步体现了民事合同的平等自愿原则。

2. 学术界的争议与观点：

   • 尽管《政府采购法》有明确规定，但学术界对政府采购合同的性质仍存在争议。有观点认为政府采购合同属于行政合同，因其一方主体为行政主体，且目的具有鲜明的公共政策目标。
   • 然而，也有观点认为政府采购合同虽具有特殊性，但仍应视为民事合同，因其适用合同法，且采购人和供应商在合同中处于平等地位。
   • 还有一种观点认为政府采购合同兼具有民事合同和行政合同的属性，是一种混合性的合同。但这种观点在法律上并未得到广泛认可。

二、政府采购合同与民事合同的相似性

1. 平等自愿原则：

   • 政府采购合同中，采购人和供应商作为平等的民事主体，按照平等、自愿的原则约定权利和义务，这与民事合同的基本原则相符。

2. 合同法的适用：

   • 政府采购合同适用合同法（现《民法典》合同编），这意味着在合同订立、履行、变更、解除等方面，均遵循合同法的规定。

3. 纠纷解决方式：

   • 在政府采购合同纠纷中，若供应商的利益受到损失，且无法通过协商解决，供应商可以选择通过民事诉讼途径来维护自己的合法权益。这进一步体现了政府采购合同的民事合同属性。

三、政府采购合同的特殊性

尽管政府采购合同被认定为民事合同，但其确实具有一些特殊性：

1. 主体特殊性：

   • 政府采购合同的一方主体通常是行政主体或行使公共职能的单位，这使其在合同订立和履行过程中可能受到更多公共政策和行政程序的约束。

2. 目的特殊性：

   • 政府采购合同的目的具有鲜明的公共政策目标，如保护环境、扶持不发达地区和少数民族地区、促进中小企业发展等。这些目标使得政府采购合同在履行过程中可能更加注重社会公共利益。

3. 程序特殊性：

   • 政府采购合同的订立方式、程序与内容都不同于一般的民事合同。例如，政府采购合同只能采取书面的形式，且订立方式包括公开招标、邀请招标等多种方式。这些特殊性使得政府采购合同在订立和履行过程中需要遵循更加严格的规范和要求。

四、法律建议

1. 在签订政府采购合同时：

   • 采购人和供应商应明确合同性质，确保合同内容符合《政府采购法》和《民法典》的相关规定。
   • 双方应严格遵守合同约定的权利和义务，确保合同的顺利履行。

2. 在发生纠纷时：

   • 若供应商认为自己的合法权益受到损害，且无法通过协商解决，可以选择通过民事诉讼途径来维护自己的权益。
   • 在诉讼过程中，双方应提供充分的证据来支持自己的主张，并遵循法院的判决和裁定。

综上所述，政府采购合同在法律上主要被认定为民事合同。尽管其具有一些特殊性，但这些特殊性并不改变其民事合同的本质属性。因此，在处理政府采购合同纠纷时，应遵循民事合同的相关规定和原则。如有任何法律问题或需要进一步的法律建议，请直接向我咨询。