政府采购协议产生的纠纷，既可能是民事纠纷，也可能是行政协议纠纷，这主要取决于协议的具体性质和纠纷的内容。以下是对这两种情况的详细分析：

1. 民事纠纷角度：

   • 合同性质：政府采购协议在本质上是一种合同，它涉及政府作为采购方与供应商之间的权利义务关系。如果纠纷主要围绕合同的履行、解释、变更或终止等民事法律关系展开，如货物质量、交付时间、付款方式等，那么这类纠纷通常被视为民事纠纷。
   • 法律依据：在此类纠纷中，双方主要依据《中华人民共和国民法典》中关于合同的规定来主张自己的权利。例如，如果供应商认为政府未按照合同约定支付货款，供应商可以依据民法典中关于合同履行的规定，要求政府履行付款义务或承担违约责任。

2. 行政协议纠纷角度：

   • 行政协议特性：虽然政府采购协议具有合同性质，但当它涉及政府行使公共管理职能、具有行政法上的权利义务内容时，该协议就可能被视为行政协议。例如，政府采购协议中可能包含对供应商资质的特定要求、对采购项目的特殊规定等，这些内容体现了政府的行政监管职能。
   • 纠纷内容：如果纠纷主要围绕行政协议的合法性、有效性、行政机关的行政行为是否合法等展开，如政府是否超越职权签订协议、协议内容是否违反法律法规等，那么这类纠纷则被视为行政协议纠纷。
   • 法律依据：在此类纠纷中，双方可能依据《中华人民共和国行政诉讼法》及相关行政法规来主张自己的权利。例如，如果供应商认为政府签订的采购协议违反了法律法规，供应商可以依据行政诉讼法的规定，向法院提起行政诉讼，要求撤销或变更该协议。

在实际操作中，如何区分民事纠纷和行政协议纠纷：

• 审查协议内容：首先，需要仔细审查政府采购协议的具体内容，判断其是否涉及政府行使公共管理职能、是否具有行政法上的权利义务内容。
• 分析纠纷焦点：其次，需要分析纠纷的焦点所在，是围绕合同的履行、解释等民事法律关系，还是围绕行政协议的合法性、有效性等行政法律关系。
• 咨询专业律师：由于政府采购协议纠纷的复杂性，建议在遇到此类纠纷时，及时咨询专业律师，以便更准确地判断纠纷性质并采取相应的法律措施。

总结与建议：政府采购协议产生的纠纷性质并非一成不变，而是取决于协议的具体内容和纠纷的焦点。在处理此类纠纷时，应首先明确纠纷性质，然后依据相应的法律法规来主张自己的权利。如有任何疑问或需要进一步的法律帮助，请直接向我咨询。