针对非公企业法人主管部门已改制的情况，企业应当按照以下步骤和要求办理相关变更登记手续：

1. 准备并提交变更登记材料：

   • 《非公司企业法人登记(备案)申请书》：这是办理变更登记的基础文件，需详细填写企业的基本信息及变更事项。
   • 变更登记事项涉及企业章程修改的：需提交修改企业章程的决定及修改后的企业章程或章程修正案，该文件应由出资人（主管部门）签署，以体现变更的合法性和有效性。
   • 变更事项证明文件：
     • 若变更出资人（主管部门）：

          - 提交企业原出资人（主管部门）的上级机关同意其转让的批准文件，以及变动后出资人（主管部门）的上级机关同意其受让的批准文件复印件。
          - 提交企业原出资人（主管部门）与变动后出资人（主管部门）签署的转让协议（若为国务院、地方人民政府或者其授权的本级人民政府国有资产监督管理机构决定划转的，可不提交）。
          - 提交变动后出资人（主管部门）的主体资格文件复印件，以证明其具备作为企业出资人的资格。
       

     • 若变更出资人（主管部门）名称：

          - 提交出资人（主管部门）名称变更证明，以及出资人（主管部门）更名后新的主体资格文件复印件。
       

   • 法律、行政法规和国务院决定规定变更事项必须报经批准的：需提交相应的批准文件或者许可证件复印件，以确保变更符合法律法规的要求。
   • 已领取纸质版营业执照的：需缴回营业执照正、副本，以便办理新的营业执照。

2. 选择办理机关：

   • 根据企业所在地的具体规定，确定办理变更登记的机关。例如，在广州市，根据《广州市市场监督管理局关于委托实施部分企业登记注册和食品医疗器械审批行政权力事项的通告》的规定，企业需根据改制后企业类型选择相应的办理机关。
   • 若属于市市场监督管理局保留事项的内资有限责任公司，则在市市场监督管理局办理改制登记；若不属于，则需迁移档案到住所所属区市场监督管理局办理。
   • 对于委托下放的内资股份有限公司或者外资有限责任公司，企业可以自主选择到市市场监督管理局或者属地区市场监督管理局办理改制登记。如选择到区市场监督管理局办理，需办理档案迁移手续。

3. 办理变更登记手续：

   • 将准备好的变更登记材料提交至选定的办理机关。
   • 办理机关将对提交的材料进行审核，如材料齐全且符合法律法规要求，将予以受理并办理变更登记手续。
   • 办理完成后，企业将领取新的营业执照，体现主管部门已改制的信息。

法律建议：

• 在办理变更登记前，企业应仔细核对所需材料，确保材料的真实性和完整性。
• 如对变更登记流程或所需材料有疑问，可提前咨询办理机关或专业律师，以避免因材料不全或不符合要求而导致的办理延误。
• 变更登记完成后，企业应及时更新内部管理制度和合同文件，确保与新的主管部门信息保持一致。

可能法律后果：

• 若企业未按照规定办理变更登记手续，可能面临行政处罚，包括但不限于罚款、责令改正等。
• 未及时变更登记信息可能影响企业的正常经营和法律责任承担，例如在合同签订、诉讼等法律活动中可能因信息不符而引发纠纷。

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