当工厂破产后，确定并支付员工工资是一个涉及法律程序和权益保障的重要环节。以下是对这一问题的详细解答：
一、工资计算原则
在工厂破产后，员工工资的计算应遵循劳动合同的约定以及实际工作时长。具体来说：
正常出勤工资：依据劳动合同中约定的日薪、月薪等标准，按照员工实际正常出勤的工作日进行计算。
加班工资：如果员工存在加班情况，需根据法律规定分别计算平时加班、周末加班以及法定节假日加班的工资，并将这些加班工资一并计入应得工资总额。
二、工资支付顺序与优先权
在破产程序中，员工工资享有优先受偿权。根据《中华人民共和国企业破产法》的相关规定，破产财产在优先清偿破产费用和共益债务后，将首先用于支付以下费用：
员工工资：包括正常出勤工资和加班工资。
医疗、伤残补助、抚恤费用：对于因工作受伤或患病的员工，应支付相应的医疗、伤残补助和抚恤费用。
社会保险费用：所欠的应当划入职工个人账户的基本养老保险、基本医疗保险费用。
法定补偿金：根据法律、行政法规规定应当支付给职工的补偿金。
若破产财产不足以清偿同一顺序的清偿要求，则按比例分配，但法律强调应尽量保障职工工资等相关费用的足额清偿。
三、工资申报与确认流程
管理人通知：工厂进入破产程序后，法院会指定破产管理人。管理人会发布债权申报通知，明确申报期限和要求。
员工申报：员工需在规定期限内提交书面申报材料，详细说明应得工资的数额、工作时间段等，并提供劳动合同、工资条、考勤记录等证据支持。
管理人审查：管理人将对员工的申报进行细致审查，核对财务记录、人事档案等，确保申报内容的真实性。
债权确认：经审查无误后，管理人将确定员工工资的债权数额，并编制债权表供债权人会议核查。员工对债权确认有异议时，可向管理人提出，必要时可通过诉讼方式解决争议。
四、特殊规定与员工权益保障
高管工资限制：为防止高管通过高薪获取不当利益，破产企业的董事、监事和高级管理人员的工资将按照企业职工的平均工资计算。
员工权益保障措施：
五、后续处理与追加分配
破产财产变价与分配：管理人将破产企业的财产转化为可分配的货币资金等形式，并按照法定顺序进行分配。若破产财产充足，员工工资将得到全额清偿；若不足，则按比例分配。
终结后的追加分配：破产程序终结后，若发现新的可供分配财产，经法院许可，管理人可进行追加分配。未获足额清偿的员工工资仍有可能得到进一步清偿。
综上所述，工厂破产后员工工资的处理遵循明确的法律规定和程序。员工应了解自己的权益和应得的补偿标准，积极参与破产清算程序，并适时采取法律手段维护自己的合法权益。