非备案基金的有限合伙企业股东并不必然需要清除，但需根据具体情况和法律规定来判断。以下是从不同角度进行的分析：
一、法律合规性角度
备案要求：
- 根据相关法律法规，某些类型的基金或投资机构需要进行备案，以确保其合法性和合规性。然而，并非所有有限合伙企业都需要备案，这取决于其具体的业务性质、投资范围以及是否涉及公众利益等因素。
- 如果有限合伙企业并未涉及需要备案的基金业务，那么其股东（无论是否为非备案基金）通常不需要因为未备案而被清除。
股东资格：
- 股东资格通常基于出资、协议约定以及法律法规的规定。只要股东符合这些条件，且没有违反法律法规或公司章程的行为，其股东资格就不应被随意剥夺。
- 非备案基金本身并不构成剥夺股东资格的合法理由，除非该基金的存在或运作方式违反了相关法律法规。
二、公司治理与运营角度
公司章程与协议：
- 有限合伙企业的公司章程或合伙协议中可能规定了股东的资格、权利与义务等。如果非备案基金的股东违反了这些规定，那么根据协议约定，可能需要对其进行处理，包括但不限于清除。
- 但如果公司章程或协议中并未明确规定非备案基金股东需要清除，那么就不能仅凭此理由进行清除。
公司利益与稳定：
- 在考虑是否清除非备案基金的股东时，还需要考虑公司的整体利益和稳定。如果清除该股东会对公司造成重大不利影响，如导致资金流失、业务中断等，那么应谨慎行事。
- 可以通过协商、调整股东结构或采取其他合法措施来解决问题，而不是直接清除股东。
三、实际操作与建议
审查法律法规：
- 首先，应审查相关法律法规，确定有限合伙企业及其股东是否需要备案，以及未备案可能带来的法律后果。
评估公司情况：
- 其次，应评估公司的具体情况，包括股东结构、业务性质、投资范围等，以确定非备案基金的股东是否对公司造成不利影响。
采取合法措施：
- 如果发现非备案基金的股东存在违法行为或违反公司章程、协议的情况，应采取合法措施进行处理，如通过法律途径解决纠纷、调整股东结构等。
- 如果非备案基金的股东并未造成不利影响，且符合法律法规和公司章程的规定，那么就不应将其清除。
建议：在处理此类问题时，应咨询专业律师或法律机构，以确保决策的合法性和合规性。同时，应保持与股东的沟通，寻求共识和解决方案，以维护公司的稳定和利益。如果有任何法律问题，可以直接向我咨询，我会为你提供专业的法律建议。