公司起诉员工，并不一定需要在单位所在地进行，这主要取决于具体的法律程序和案件性质。以下是从不同角度对这一问题的详细分析：

一、一般原则：被告住所地或经常居住地

在民事诉讼中，通常遵循“原告就被告”的原则，即原告需要向被告住所地或者经常居住地的人民法院提起诉讼。对于公司起诉员工的情况，如果员工是被告，那么公司通常需要向员工住所地或者经常居住地的人民法院提起诉讼，而不是公司所在地。

二、特殊情况：合同履行地或侵权行为地

1. 合同纠纷：如果公司起诉员工是基于劳动合同纠纷，且合同中有约定履行地，或者实际履行地与员工住所地不一致，那么公司也可以选择向合同履行地的人民法院提起诉讼。

2. 侵权行为：如果公司起诉员工是因为员工的侵权行为（如泄露商业秘密、侵犯知识产权等），且侵权行为地发生在公司所在地，那么公司也可以选择向侵权行为地的人民法院提起诉讼。不过，这种情况下，如果员工住所地与侵权行为地不一致，员工仍然有权提出管辖权异议。

三、管辖权异议

无论公司选择向哪个法院提起诉讼，员工都有权在收到起诉状副本后，向法院提出管辖权异议。如果法院认为异议成立，会将案件移送至有管辖权的人民法院审理。

四、实际操作建议

1. 查阅合同：如果公司起诉员工是基于劳动合同纠纷，建议先查阅劳动合同中的管辖条款，看是否有特别约定。

2. 咨询律师：由于管辖权问题可能涉及复杂的法律判断和地域因素，建议公司在起诉前咨询专业律师，以确保选择正确的管辖法院。

3. 准备证据：无论选择哪个法院提起诉讼，公司都需要准备充分的证据来支持自己的主张。这包括劳动合同、工资单、考勤记录、侵权证据等。

举例说明：

假设某公司位于A市，而员工居住在B市。如果公司因为员工违反劳动合同而起诉员工，且劳动合同中没有特别约定管辖法院，那么公司通常需要向B市的人民法院提起诉讼。但是，如果劳动合同中约定了合同履行地为A市，或者员工的侵权行为发生在A市，那么公司也可以选择向A市的人民法院提起诉讼。不过，在这种情况下，员工仍然有权提出管辖权异议。

总结与建议：

公司起诉员工并不一定需要在单位所在地进行。具体选择哪个法院提起诉讼，需要根据案件性质、合同条款以及法律规定来综合判断。如果你作为公司方或员工方，在面临此类法律问题时，建议直接向我咨询，我会根据你的具体情况提供专业的法律建议。