自离扣一半工资通常是不合法的。以下从法律依据、合法扣除情形及自离可能产生的后果等方面进行详细分析：
一、法律依据
根据《中华人民共和国劳动法》第五十条，工资应当以货币形式按月支付给劳动者本人，不得克扣或者无故拖欠劳动者的工资。这意味着，除非存在法定或约定的合理扣款事由，否则用人单位无权随意扣减劳动者的工资。
二、合法扣除工资的情形
因劳动者原因给用人单位造成经济损失：
- 根据《工资支付暂行规定》第十六条，因劳动者本人原因给用人单位造成经济损失的，用人单位可按照劳动合同的约定要求其赔偿经济损失。经济损失的赔偿，可从劳动者本人的工资中扣除，但每月扣除的部分不得超过劳动者当月工资的20%。若扣除后的剩余工资部分低于当地月最低工资标准，则按最低工资标准支付。
- 分析：若劳动者自离导致用人单位遭受经济损失，如业务中断、资料丢失等，用人单位有权要求劳动者赔偿。但在此情况下，扣除的工资数额需严格遵守法律规定的限额，即不得超过劳动者当月工资的20%，且扣除后的剩余工资不得低于当地月最低工资标准。因此，自离扣一半工资显然超出了这一法定限额，是不合法的。
违反劳动合同约定或规章制度：
- 若劳动合同或规章制度中明确规定了离职程序及违约责任，且这些规定已告知劳动者，则劳动者自离可能构成违约。但即便如此，用人单位扣除工资作为违约金也需遵守法律规定的限额。
- 分析：即使劳动者违反劳动合同或规章制度中的离职规定，用人单位也不能随意扣减工资。扣除工资作为违约金必须依法进行，且扣除的数额同样不得超过法定限额。
三、自离可能产生的后果
对劳动者的影响：
- 工资损失风险：虽然一般情况下不能随意扣一半工资，但如果因自离给单位造成重大损失，可能需要承担相应赔偿责任，导致最终到手的工资减少。不过，这种减少也需在法律规定的限额内进行。
- 社保公积金中断：自离后，单位可能会停止为员工缴纳社保和公积金，这会影响员工的社保待遇享受（如医保报销、养老积累等）以及公积金的使用（如贷款购房等）。
- 职业形象受损：在行业内留下不良记录，可能会影响未来找工作时新雇主对其的评价，降低求职竞争力。
- 无法办理离职手续：正常的离职流程包括工作交接、归还公司财物等。自离可能导致这些手续无法正常办理，进而影响个人档案和劳动关系的转移，甚至可能影响未来的职业发展。
对用人单位的影响：
- 工作安排受扰：员工突然自离，可能导致相关工作无人接手或需要临时调整人员安排，影响工作的正常开展和进度。
- 增加招聘成本：需要重新招聘人员来填补空缺岗位，这会增加招聘费用和时间成本。
- 管理难度加大：员工自离行为如果不加以处理，可能会对其他员工产生不良影响，破坏公司的管理制度和工作氛围。
四、建议与维权途径
- 建议：劳动者在离职时，应遵守劳动合同和用人单位的规章制度，办理好离职手续，减少因自离给用人单位造成的损失。同时，用人单位也应依法与劳动者订立书面劳动合同，并明确约定解除劳动合同的条件、程序和违约责任。
- 维权途径：如果劳动者遇到自离被扣一半工资的情况，可以采取以下措施来维护自己的合法权益：
- 与用人单位协商：首先尝试与用人单位进行沟通协商，了解扣款的具体原因和依据，并争取达成合理的解决方案。
- 向劳动监察部门投诉：如果协商无果，可以向当地的劳动监察部门投诉举报用人单位的违法行为。劳动监察部门会进行调查处理，并责令用人单位改正错误行为。
- 申请劳动仲裁：如果劳动监察部门的处理结果不满意或用人单位拒不改正错误行为，劳动者可以向劳动争议仲裁委员会申请仲裁。在仲裁过程中，劳动者需要提供相关证据来证明自己的权益受到侵害。
- 提起诉讼：如果对仲裁结果不满意或用人单位不履行仲裁裁决书确定的义务，劳动者还可以向人民法院提起诉讼来维护自己的合法权益。
综上所述，自离扣一半工资通常是不合法的。用人单位在扣除劳动者工资时应确保遵守相关法律法规，而劳动者也应遵守劳动合同和规章制度，以减少不必要的纠纷。如有任何疑问或需要进一步的法律帮助，请随时向我咨询。