在撤销农村土地承包经营权证的案件中，被告通常是农业农村局，而非不动产中心。以下是对此问题的详细分析：
一、被告确定的原则
在行政诉讼中，被告的确定通常遵循“谁行为，谁被告”的原则。即，如果某个行政机关作出了具体的行政行为，且该行为被诉至法院，那么该行政机关就是被告。
二、农村土地承包经营权证的颁发与管理
颁发机关：根据相关法律法规，农村土地承包经营权证通常由县级以上地方人民政府颁发。但在实际操作中，这一工作往往由农业农村局（或原农业局）具体负责。农业农村局作为农村土地承包经营的主管部门，负责土地承包合同的签订、履行、变更和解除等管理工作，同时也负责颁发和管理农村土地承包经营权证。
不动产中心的职责：不动产中心主要负责不动产的登记工作，包括土地、房屋等不动产的权属登记。虽然农村土地承包经营权证也涉及土地权属的确认，但不动产中心并不直接参与土地承包经营权的颁发和管理。其职责更多是在于对已经颁发的权证进行登记和公示，以确保权属的清晰和可追溯性。
三、撤销农村土地承包经营权证的被告确定
如果撤销行为由农业农村局作出：在这种情况下，被告显然是农业农村局。因为农业农村局是作出撤销决定的具体行政机关，其应当对自己的行政行为承担法律责任。
如果撤销行为涉及不动产登记：虽然不动产中心负责不动产的登记工作，但撤销农村土地承包经营权证的行为通常并不直接涉及不动产登记。即使涉及，不动产中心也只是作为登记机构，并非作出撤销决定的行政机关。因此，在这种情况下，被告仍然不是不动产中心，而是作出撤销决定的行政机关（如农业农村局）。
四、法律建议
确认撤销行为的作出机关：在提起行政诉讼前，应当首先确认撤销农村土地承包经营权证的行为是由哪个行政机关作出的。这可以通过查阅相关文件、询问相关部门或咨询专业律师来实现。
准备充分的证据：在提起行政诉讼时，应当准备充分的证据来支持自己的诉讼请求。这包括但不限于农村土地承包经营权证、撤销决定书、相关法律法规和政策文件等。
寻求专业法律帮助：由于行政诉讼涉及复杂的法律程序和专业知识，因此建议当事人在提起诉讼前寻求专业律师的帮助。律师可以提供法律咨询、代理诉讼等服务，帮助当事人更好地维护自己的合法权益。
如果您在撤销农村土地承包经营权证的过程中遇到任何法律问题或需要进一步的法律帮助，请随时向我咨询。