关于农村征收房屋时村上收取一定比例费用是否合法的问题，不能一概而论，需要分情况讨论：
若村上收取的费用有明确法律依据：
- 在某些特定情况下，如征收过程中涉及村集体公共设施建设、土地复垦等需要村集体组织投入资金的项目，且相关法律法规或地方性法规明确规定了村集体可以收取一定比例的费用用于这些特定目的，那么村上收取费用可能是合法的。但这种情况下，收取的比例、用途等都必须严格按照法律法规的规定执行，并且需要向被征收人明确说明收费的依据和用途。
若村上收取的费用无法律依据或超出法定范围：
- 如果村上在没有明确法律依据的情况下，擅自决定收取一定比例的费用，或者收取的费用超出了法律法规规定的范围，那么这种行为就是不合法的。被征收人有权拒绝支付，并可以向相关部门投诉或寻求法律援助。
法律背景与建议：
- 法律背景：根据《中华人民共和国土地管理法》及相关实施条例，农村土地征收应当遵循公平、公正、公开的原则，保障被征收人的合法权益。征收补偿应当包括土地补偿费、安置补助费以及地上附着物和青苗的补偿费等。对于村集体是否可以收取额外费用，必须依据明确的法律法规规定。
- 建议：
- 核实收费依据：如果村上提出收取费用，被征收人首先应当要求村上出示明确的收费依据，包括相关法律法规或地方性法规的条文。
- 咨询专业意见：如果对于收费依据存在疑问或争议，建议被征收人及时咨询专业律师，了解自己的权利和义务。
- 维护合法权益：如果发现村上收取的费用无法律依据或超出法定范围，被征收人有权拒绝支付，并可以通过法律途径维护自己的合法权益。
可能的法律后果：
- 如果村上擅自收取无法律依据的费用，可能会面临被相关部门责令退还非法所得、罚款等行政处罚。
- 如果被征收人因为支付了非法费用而遭受了经济损失，还可以依法向村上或相关责任人提起民事诉讼，要求赔偿损失。
总之，农村征收房屋时村上收取一定比例费用是否合法，取决于是否有明确的法律依据以及是否按照法律法规的规定执行。被征收人在面对这种情况时，应当保持警惕，核实收费依据，并在必要时寻求专业法律帮助。如果您有具体的法律问题或需要进一步的法律建议，可以直接向我咨询。