项目经理有在建工程时更换项目经理，在符合一定条件和程序的情况下是合法的。以下从不同角度为您详细分析：
可以更换的情形
合同约定允许：
- 若施工合同中明确规定了项目经理在某些特定情况下或满足一定条件时可以更换，且遵循了相应的通知义务等程序要求，那么按照合同约定执行更换是合法的。例如，合同可能规定在项目经理因长期病假无法履职时，承包人有权更换项目经理。
双方协商一致：
- 发包人与承包人经过友好协商，均同意更换项目经理。这体现了合同双方的意思自治原则，只要双方达成一致，即可对合同相关事项进行变更。比如，双方可能因项目经理的管理风格与项目需求不匹配而协商更换。
出现法定事由：
- 不可抗力原因：如项目经理因疾病、事故等无法继续履行职责。例如，项目经理突发重病，无法继续参与项目管理工作。
- 失职或违法行为：项目经理存在严重失职、营私舞弊等损害发包人或承包人利益的行为，或者因违法犯罪被限制人身自由无法履行职责。比如，项目经理利用职务之便谋取私利，给项目造成重大损失。
- 劳动合同解除：施工方与项目经理之间的劳动合同因合法原因解除，如项目经理主动辞职或因违反公司规定被解雇。
甲方同意或要求更换：
- 更换项目经理通常必须得到建设单位的书面同意。这是确保项目顺利进行和双方权益的重要保障。例如，建设单位可能因项目经理的管理能力不足而要求更换。
更换需遵循的程序
提出申请：
- 承包人应向发包人提交书面申请，说明更换项目经理的原因、拟更换的新项目经理的基本情况（包括资质、工作经验等），并填写《工程项目管理人员变更申请表》。
审批流程：
- 发包人收到申请后，对更换的必要性、新项目经理的胜任能力等进行审核。
- 建设单位在《工程项目管理人员变更申请表》上签署是否同意人员变更的意见，并加盖法人章。
- 该申请需报市住建局招标办审批备案，经过初审后公示，如无投诉举报，即可办理审批备案手续。
签订变更协议：
- 获得批准后，双方需要签订相关的变更协议或补充合同条款，明确新项目经理的职责、权限等内容。
工作交接与通知：
- 承包人应做好项目工作交接安排，包括项目进展、团队成员情况、资源分配等信息的传递，以确保项目的平稳过渡。
- 通知项目监理单位以及其他相关方关于项目经理的更换情况。
注意事项
- 新项目经理资质：新项目经理必须具备不低于原项目经理的资质和能力，以确保项目的顺利进行和管理的连续性。
- 充分沟通：在整个更换过程中，双方应保持充分沟通，确保信息的透明度和准确性。
- 遵循法律法规：遵循相关法律法规和合同规定，避免因操作不当而引发的法律风险和经济纠纷。
法律后果提示：如果未经合法程序擅自更换项目经理，可能会面临合同违约的风险，需要承担相应的违约责任，如支付违约金、赔偿损失等。同时，这也可能影响项目的顺利进行和双方的合作关系。
在实际操作中，建议双方充分沟通、协商，并严格遵守相关法律法规和合同规定。如果您在此过程中遇到任何法律问题，可以直接向我咨询，我会为您提供专业的法律建议。