针对您提出的“农村违法建设由什么部门管”的问题，这是一个涉及多个政府部门协同管理的综合性问题。以下是我为您提供的详细解答：

一、主要管理部门及其职责

1. 乡（镇）人民政府：

   • 职责：作为基层政府部门，乡（镇）人民政府对本行政区域内的农村建设有属地管理职责。它们负责乡村规划的组织实施和监督管理工作，对未依法取得乡村建设规划许可证或未按许可证规定进行建设的行为，有权责令停止建设、限期改正；逾期不改正的，可拆除违规建筑。
   • 法律依据：主要依据《中华人民共和国城乡规划法》等相关法律法规。

2. 县级自然资源部门：

   • 职责：该部门负责土地资源和城乡规划管理。对于农村违法建设中涉及违反土地利用总体规划、非法占用农用地等行为，它们有权进行查处，包括责令退还非法占用的土地，限期拆除在非法占地上新建的建筑物和其他设施。
   • 法律依据：主要依据《中华人民共和国土地管理法》等法规。

3. 县级农业农村部门：

   • 职责：该部门专注于农村宅基地管理。对于违规占用宅基地建房、超标准多占宅基地等问题，它们有权进行监督和查处，包括责令退还非法占用的宅基地，限期拆除在非法占用的宅基地上新建的房屋。
   • 法律依据：主要依据相关规定，农业农村部门负责农村宅基地改革和管理有关工作。

二、其他相关部门及其可能的作用

除了上述主要管理部门外，还有一些其他部门在农村违法建设管理中也可能发挥重要作用：

• 城乡规划主管部门：从专业规划角度对农村建设进行管理和监督，确保农村建设符合城乡规划要求。
• 住房和城乡建设部门：对农村自建房的建设行为进行管理，包括建筑的设计、施工等是否符合建筑规范和标准。

三、综合管理与协作

农村违法建设的管理是一个综合性的工作，需要多个部门协同合作。在实际操作中，若发现农村违法建设，您可以根据具体情况向相关部门反映和举报。通常情况下，可以先向当地自然资源部门报告，由其进行初步调查和认定。若涉及乡村规划或宅基地管理问题，也可同时向乡（镇）人民政府或农业农村部门寻求协助。

四、建议与总结

为了有效遏制和打击农村违法建设行为，维护农村建设的秩序和公共利益，我建议您：

• 及时了解并遵守相关法律法规和规划要求，避免进行违法建设。
• 若发现农村违法建设行为，及时向相关部门反映和举报，共同维护农村建设的良好环境。

综上所述，农村违法建设的管理涉及多个政府部门，各部门依据各自职责共同维护农村建筑秩序。希望以上解答能对您有所帮助。