两次行政违法金额累计超过5万元的，需根据具体违法类型、情节严重程度及法律规定接受行政处罚，情节严重的可能涉及刑事追责。具体处理方式如下：

1. 行政处罚的种类与适用
   根据《行政处罚法》及相关行业法规，行政机关可对违法行为人处以警告、罚款、没收违法所得、责令停产停业、吊销许可证等处罚。若两次违法行为均涉及金额累计超5万元，行政机关可能：

   • 合并处罚：若两次违法行为属于同一类型（如连续两次超范围经营），可能合并计算违法金额，按更高标准处罚；
     
   • 分别处罚：若两次违法行为独立（如不同时间、不同事项），可能分别处罚后合并执行，但需注意“一事不再罚”原则（同一违法行为不得重复处罚）。
     
   • 罚款幅度：违法金额超5万元通常属于“情节严重”，罚款可能按违法所得的1-5倍或固定金额上限（如《反不正当竞争法》规定罚款最高可达300万元）执行。

2. 刑事追责的风险
   若违法行为同时触犯《刑法》（如非法经营罪、诈骗罪等），且金额超5万元可能达到刑事立案标准，行政机关可能将案件移送公安机关。例如：

   • 非法经营罪：个人非法经营数额超5万元或违法所得超1万元，单位超15万元或违法所得超5万元，可能处5年以下有期徒刑；
     
   • 诈骗罪：数额较大（通常3000元至1万元以上）即构成犯罪，超5万元可能处3-10年有期徒刑。
     关键点：行政违法与刑事犯罪的界限在于主观故意、行为性质及社会危害性，需结合具体案情判断。

3. 程序性权利与救济

   • 陈述申辩权：当事人有权在收到处罚告知书后3日内提出陈述、申辩，行政机关必须复核；
     
   • 听证权：若罚款超一定金额（如个人5000元、单位3万元），可要求听证；
     
   • 行政复议与诉讼：对处罚不服的，可在60日内申请复议或6个月内提起行政诉讼。

建议：

• 立即停止违法行为，主动配合调查，争取从轻或减轻处罚（如首次违法、积极整改）；
  
• 梳理两次违法行为的证据（如合同、转账记录），评估是否涉及刑事风险；
  
• 如有争议，及时委托律师介入，通过法律程序维护权益。
  

如有具体案情或行业领域（如税务、市场监管、环保等），可进一步提供细节，我将结合实操经验为您分析。