当公司拖欠工程款并已出具借条时，您可以通过法律途径来维护自己的合法权益。以下是一个详细的起诉流程及注意事项，供您参考：
一、准备起诉材料
借条原件：这是证明债务关系存在的最直接证据，需确保借条内容清晰、完整，包括欠款金额、还款期限（如有）、欠款人签名及日期等关键信息。
工程合同及相关文件：提供与欠款方签订的工程合同、施工记录、验收报告等，这些文件有助于证明您与欠款方之间的合同关系及您已履行合同义务。
催款记录：保留所有催款通知、聊天记录或邮件等，以证明您已多次催告欠款方履行付款义务。
身份证明：提供您的个人或公司有效身份证明文件，如身份证、营业执照等，以确认您的诉讼主体资格。
起诉状：撰写起诉状，详细说明案件事实、诉讼请求及法律依据。起诉状应包含原被告双方的基本信息、诉讼请求（如要求支付欠款及利息）、事实与理由（阐述欠款经过、合同履行情况及法律依据）等内容。
二、确定管辖法院
根据《中华人民共和国民事诉讼法》的规定，因合同纠纷提起的诉讼，由被告住所地或者合同履行地人民法院管辖。在工程款纠纷中，您可以选择工程所在地或被告住所地的基层人民法院提起诉讼。
三、提交起诉材料并缴纳诉讼费
将准备好的起诉材料及证据一并提交给选定的法院，并按照法院要求缴纳相应的诉讼费用。诉讼费用的具体金额根据案件标的额大小而定，法院会提供详细的缴费指南。
四、参与庭审过程
出庭应诉：按照法院传票指定的时间和地点出庭应诉，确保按时到达并遵守法庭纪律。
举证质证：在庭审中，您需出示借条及其他相关证据，并对证据的真实性、合法性和关联性进行说明。同时，您有权对对方提出的证据进行质证，提出异议或反驳。
法庭辩论：针对案件事实和法律问题，双方进行辩论。您应充分阐述自己的诉讼请求和理由，反驳对方的观点和主张，确保自己的权益得到充分维护。
五、等待法院判决与执行
法院判决：法院将根据庭审情况和相关法律法规作出判决。如果判决支持您的诉讼请求，欠款方需在规定时间内履行付款义务。
申请强制执行：如果欠款方未按判决履行付款义务，您可以在判决书规定的履行期限届满后向法院申请强制执行。法院将采取查封、扣押、拍卖等措施来执行判决，确保您的权益得到实现。
六、注意事项
保留证据原件：在提交证据时，务必保留好证据原件，以备不时之需。复印件或扫描件可能无法作为有效证据使用。
注意诉讼时效：根据法律规定，工程款纠纷的诉讼时效通常为三年。因此，在发现欠款问题后应及时采取措施，避免错过诉讼时效。
寻求专业帮助：如果案件涉及复杂的法律问题或较大的金额，建议咨询专业律师的意见和帮助。律师可以为您提供法律咨询、起草法律文书、代理诉讼等服务，提高您的胜诉率和保障自身权益。
希望以上解答能对您有所帮助。在起诉过程中，务必保持冷静和理性，遵循法律程序，确保自己的权益得到充分维护。